MoonlightR

DOI:10.18129 / B9.bioc.MoonlightR

此包适用于Bioconductor 3.10版本;有关稳定的最新发布版本，请参见MoonlightR．

从组学数据中识别癌基因和抑癌基因

Bioconductor版本:3.10

动机:对癌症机制的理解需要识别在病理发展中起作用的基因，并描述其作用(特别是致癌基因和肿瘤抑制因子)。结果:我们提出了一个名为MoonlightR的R/生物导体包，它根据TCGA表达数据返回特定癌症类型的候选驱动基因列表。该方法首先推断基因调控网络，然后进行功能富集分析(FEA)(实施上游调控分析，URA)，以对已知生物过程与所研究的癌症类型的重要性进行评分。最终，通过随机森林，MoonlightR预测了候选驱动基因的两个特定作用:i)肿瘤抑制基因(TSGs)和ii)致癌基因(OCGs)。因此，这种方法不仅可以识别起双重作用的基因(例如，TSG在一种癌症类型中，OCG在另一种癌症类型中)，而且还有助于阐明其特定作用背后的生物学过程。特别是，MoonlightR可用于发现同一癌症类型的OCGs和TSGs。这可能有助于回答一些基因是否在乳腺癌早期(I, II)和晚期(III, IV)之间改变作用的问题。在未来，这种分析可能有助于确定对化疗治疗的不同耐药性的原因。

作者:Antonio Colaprico*， Catharina Olsen*， Claudia Cava, Thilde Terkelsen, Laura Cantini, Andre Olsen, Gloria Bertoli, Andrei Zinovyev, Emmanuel Barillot, Isabella Castiglioni, Elena Papaleo, Gianluca Bontempi

维护者:Antonio Colaprico ， Catharina Olsen

安装

要安装这个包，启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“MoonlightR”)

超文本标记语言	R脚本	装饰图案的标题
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DNAMethylation，DifferentialExpression，DifferentialMethylation，GeneExpression，GeneRegulation，GeneSetEnrichment，MethylationArray，网络，NetworkEnrichment，通路，软件，生存
版本	1.12.0
在Bioconductor	BioC 3.4 (R-3.3)(3.5年)
许可证	GPL (>= 3)
取决于	R (>= 3.5)，doParallel，foreach
进口	parmigene，randomForest，SummarizedExperiment，gplots，circlize，RColorBrewer，养蜂人，clusterProfiler，剂量，Biobase，limma， grDevices，图形，TCGAbiolinks，GEOquery统计数据,RISmed，网格，utils
链接
建议	BiocStyle，knitr，rmarkdown，testthat，devtools，roxygen2，png
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/ibsquare/MoonlightR
BugReports	https://github.com/ibsquare/MoonlightR/issues
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	MoonlightR_1.12.0.tar.gz
Windows二进制	MoonlightR_1.12.0.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	MoonlightR_1.12.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/MoonlightR
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/MoonlightR
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/MoonlightR/
软件包下载报告	下载数据