PathwaySplice

DOI:10.18129 / B9.bioc.PathwaySplice

此包适用于Bioconductor 3.10版本;有关稳定的最新发布版本，请参见PathwaySplice．

一个无偏剪接路径分析的R包

Bioconductor版本:3.10

如果不考虑与每个基因相关的外显子数量的不同，选择性剪接的途径分析将是有偏见的，因为具有较高外显子数量的基因更有可能被包括在选择性剪接的“显著”基因列表中。PathwaySplice是一个R包，它:(1)执行通路分析，显式调整与每个基因相关的外显子数量(2)可视化由于每个基因的不同外显子数量而导致的选择偏倚(3)使用逻辑回归正式测试偏倚的存在(4)支持基于基因本体术语的基因集，以及更广泛定义的基因集(例如MSigDB)或用户定义的基因集(5)识别显著基因驱动通路显著性(6)用富集图组织显著通路，其中具有大量重叠基因的通路被分组在网络图中

作者:严爱民，陈曦，王莉莉

维护者:Aimin Yan 工作

安装

要安装这个包，启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“PathwaySplice”)

超文本标记语言	R脚本	PathwaySplice
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	AlternativeSplicing，DifferentialSplicing，去，GeneSetEnrichment，GraphAndNetwork，ImmunoOncology，网络，NetworkEnrichment，通路，RNASeq，回归，测序，软件，可视化
版本	1.10.0
在Bioconductor	BioC 3.6 (R-3.4)(2.5年)
许可证	LGPL (> = 2)
取决于	R (>= 3.5.0)
进口	goseq，Biobase，剂量，reshape2，igraph，org.Hs.eg.db，org.Mm.eg.db，BiocGenerics，AnnotationDbi，JunctionSeq，BiasedUrn，GO.db，gdata，geneLenDataBase， grDevices，图形，统计，utils，维恩图，RColorBrewer，ensembldb，AnnotationHub，S4Vectors，dplyr，情节，webshot，htmlwidgets，mgcv，gridExtra、网格gplots，宠物猫，EnrichmentBrowser，注释，KEGGREST
链接
建议	testthat，knitr，rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	PathwaySplice_1.10.0.tar.gz
Windows二进制	PathwaySplice_1.10.0.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	PathwaySplice_1.10.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/PathwaySplice
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/PathwaySplice
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/PathwaySplice/
软件包下载报告	下载数据