波特拉
doi：10.18129/b9.bioc.potra
此软件包适用于生物导体的3.10版；对于稳定的最新版本，请参阅波特拉。
Potra：拓扑等级分析的途径
生物导体版本：3.10
POTRA分析基于生物途径中基因的拓扑等级。Potra可用于检测涉及疾病的途径（Li，Liu＆Dinu，2018年）。我们使用Pagerank来测量每种生物途径中基因的相对拓扑等级，然后为每种途径选择集线器基因，并使用Fishers精确测试来确定每个途径中的集线器基因的数量是否从正常变为癌症（Li，Liu，Liu，Liu，liu，＆Dinu，2018年）。另外，如果在正常和癌症之间改变了基因拓扑等级的分布，则该途径也可能参与癌症（Li，Liu＆Dinu，2018年）。因此，我们使用Kolmogorov – Smirnov检测来检测两个表型之间基因拓扑等级分布的途径（Li，Liu＆Dinu，2018）。Potra可以与Devel Graphite库中的KEGG，Biocarta，Reactome，NCI，SMPDB和PharmGKB数据库一起使用。
作者：Chaoxing Li，Li Liu和Valentin Dinu
维护者：valentin dinu
引用（从r内，输入引用（“ Potra”））：
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“ 3.6”）并输入：
if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ potra”）
对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。
文档
要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：
Browsevignettes（“ Potra”）
| html | R脚本 | 拓扑等级分析（POTRA）的途径 |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 消息 |
细节
| 生物浏览 | 生物卡尔塔，，，，差异性，，，，基因表达，，，，GraphandNetwork，，，，kegg，，，，网络，，，，途径，，，，Reactome，，，，软件，，，，统计信息 |
| 版本 | 1.2.0 |
| 在生物导体中 | Bioc 3.9（R-3.6）（1年） |
| 执照 | LGPL |
| 要看 | r（> = 3.6.0），统计，生物基因，，，，org.hs.eg.db，，，，Igraph，，，，图形，，，，石墨 |
| 进口 | |
| 链接 | |
| 建议 | 生物使用，，，，尼特，，，，rmarkDown，，，，科尔，，，，代码，，，，repmis |
| 系统要求 | |
| 增强 | |
| URL | |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包装档案
跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。
| 源包 | potra_1.2.0.tar.gz |
| Windows二进制 | potra_1.2.0.zip |
| Mac OS X 10.11（El Capitan） | potra_1.2.0.tgz |
| 源存储库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/potra |
| 源存储库（开发人员访问） | git clone git@git.bioconductor.org：packages/potra |
| 包装短URL | //www.andersvercelli.com/packages/potra/ |
| 软件包下载报告 | 下载统计 |
