QuasR

DOI:10.18129 / B9.bioc.QuasR

此包适用于Bioconductor 3.10版本;有关稳定的最新发布版本,请参见QuasR

在R中量化和注释短读

Bioconductor版本:3.10

这个包为短读的量化和分析提供了一个框架。它涵盖了一个完整的工作流程,从原始序列读取,比对和质量控制图的创建,到感兴趣的基因组区域的量化。

作者:Anita Lerch, Charlotte Soneson, Dimos Gaiditzis和Michael Stadler

维护者:Michael Stadler < Michael。斯塔德勒在fmi.ch>

引文(从R内,输入引用(“QuasR”)):

安装

要安装这个包,启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("QuasR")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“QuasR”)

超文本标记语言 R脚本 类星体简介
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细节

biocViews 对齐ChIPSeq报道遗传学ImmunoOncologyMethylSeq预处理质量控制RNASeq测序软件
版本 1.26.0
在Bioconductor BioC 2.12 (R-3.0)(7年)
许可证 GPL-2
取决于 R(>= 3.6),平行,GenomicRanges(> = 1.13.3),Rbowtie
进口 方法,grDevices,图形,utils,BiocGenericsS4Vectors(> = 0.9.25),IRangesBiocManagerBiobaseBiostringsBSgenomeRsamtools(> = 1.99.1),GenomicFeatures(> = 1.17.13),ShortRead(> = 1.19.1),GenomicAlignmentsBiocParallelGenomeInfoDbrtracklayerGenomicFilesRhisat2AnnotationDbi
链接 Rhtslib(> = 1.15.3)
建议 GvizBiocStyleknitrrmarkdowncovrtestthat
SystemRequirements GNU使
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包 QuasR_1.26.0.tar.gz
Windows二进制 QuasR_1.26.0.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan) QuasR_1.26.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/QuasR
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/QuasR
包短Url //www.andersvercelli.com/packages/QuasR/
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