RNASeqR

DOI:10.18129 / B9.bioc.RNASeqR

此包适用于Bioconductor的3.10版本;有关稳定的最新发布版本,请参见RNASeqR

RNASeqR:一个用于自动双组RNA-Seq分析工作流程的R包

Bioconductor版本:3.10

该R包设计用于病例对照RNA-Seq分析(两组)。有六个步骤:“RNASeqRParam S4对象创建”,“环境设置”,“质量评估”,“读取校准和量化”,“基因级差异分析”和“功能分析”。每个步骤都对应于这个包中的一个函数。在按顺序运行函数之后,可以很容易地完成基本的RNASeq分析。

作者:Kuan-Hao曹国伟

维护人员:Kuan-Hao Chao

引用(从R中,输入引用(“RNASeqR”)):

安装

要安装这个包,启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于较老版本的R,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请从R开始并输入:

browseVignettes(“RNASeqR”)

超文本标记语言 R脚本 基于一个自变量的RNA-Seq分析
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews 对齐聚类DataImportDifferentialExpressionExperimentalDesignFunctionalPredictionGeneExpressionGeneSetEnrichment遗传学ImmunoOncology基础设施KEGG归一化通路质量控制RNASeq测序软件可视化
版本 1.4.0
Bioconductor自 BioC 3.8 (R-3.5)(1.5年)
许可证 艺术- 2.0
取决于 R (> = 3.5.0),ggplot2pathview刨边机、方法
进口 Rsamtools、工具、网状舞会礼服gridExtrarafalibFactoMineRfactoextracorrplotPerformanceAnalyticsreshape2DESeq2systemPipeRsystemPipeRdataclusterProfilerorg.Hs.eg.dborg.Sc.sgd.dbstringrpheatmap, grDevices,图形,统计,效用,剂量Biostrings、并行
链接
建议 knitrpng、网格RNASeqRData
SystemRequirements RNASeqR仅支持Linux和macOS。窗口不支持。强烈推荐使用Python2。如果您的机器是Python3,请确保'2to3'命令可用。
增强了
URL https://github.com/HowardChao/RNASeqR
BugReports https://github.com/HowardChao/RNASeqR/issues
取决于我
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包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包 RNASeqR_1.4.0.tar.gz
Windows二进制
Mac OS X 10.11 (El Capitan) RNASeqR_1.4.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/RNASeqR
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/ RNASeqR
包短Url //www.andersvercelli.com/packages/RNASeqR/
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