此包适用于Bioconductor的3.10版本;有关稳定的最新发布版本,请参见RNASeqR.
Bioconductor版本:3.10
该R包设计用于病例对照RNA-Seq分析(两组)。有六个步骤:“RNASeqRParam S4对象创建”,“环境设置”,“质量评估”,“读取校准和量化”,“基因级差异分析”和“功能分析”。每个步骤都对应于这个包中的一个函数。在按顺序运行函数之后,可以很容易地完成基本的RNASeq分析。
作者:Kuan-Hao曹国伟
维护人员:Kuan-Hao Chao
引用(从R中,输入引用(“RNASeqR”)
):
要安装这个包,启动R(版本“3.6”)并输入:
如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")
对于较老版本的R,请参考相应的Bioconductor释放.
要查看系统中安装的此包版本的文档,请从R开始并输入:
browseVignettes(“RNASeqR”)
超文本标记语言 | R脚本 | 基于一个自变量的RNA-Seq分析 |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 |
biocViews | 对齐,聚类,DataImport,DifferentialExpression,ExperimentalDesign,FunctionalPrediction,去,GeneExpression,GeneSetEnrichment,遗传学,ImmunoOncology,基础设施,KEGG,归一化,通路,质量控制,RNASeq,测序,软件,可视化 |
版本 | 1.4.0 |
Bioconductor自 | BioC 3.8 (R-3.5)(1.5年) |
许可证 | 艺术- 2.0 |
取决于 | R (> = 3.5.0),ggplot2,pathview,刨边机、方法 |
进口 | Rsamtools、工具、网状,舞会礼服,gridExtra,rafalib,FactoMineR,factoextra,corrplot,PerformanceAnalytics,reshape2,DESeq2,systemPipeR,systemPipeRdata,clusterProfiler,org.Hs.eg.db,org.Sc.sgd.db,stringr,pheatmap, grDevices,图形,统计,效用,剂量,Biostrings、并行 |
链接 | |
建议 | knitr,png、网格RNASeqRData |
SystemRequirements | RNASeqR仅支持Linux和macOS。窗口不支持。强烈推荐使用Python2。如果您的机器是Python3,请确保'2to3'命令可用。 |
增强了 | |
URL | https://github.com/HowardChao/RNASeqR |
BugReports | https://github.com/HowardChao/RNASeqR/issues |
取决于我 | |
进口我 | |
建议我 | |
我的链接 | |
构建报告 |
遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。
源包 | RNASeqR_1.4.0.tar.gz |
Windows二进制 | |
Mac OS X 10.11 (El Capitan) | RNASeqR_1.4.0.tgz |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/RNASeqR |
源存储库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/ RNASeqR |
包短Url | //www.andersvercelli.com/packages/RNASeqR/ |
包下载报告 | 下载数据 |
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