RNASeqR

DOI:10.18129 / B9.bioc.RNASeqR

此包适用于Bioconductor的3.10版本;有关稳定的最新发布版本，请参见RNASeqR．

RNASeqR:一个用于自动双组RNA-Seq分析工作流程的R包

Bioconductor版本:3.10

该R包设计用于病例对照RNA-Seq分析(两组)。有六个步骤:“RNASeqRParam S4对象创建”，“环境设置”，“质量评估”，“读取校准和量化”，“基因级差异分析”和“功能分析”。每个步骤都对应于这个包中的一个函数。在按顺序运行函数之后，可以很容易地完成基本的RNASeq分析。

作者:Kuan-Hao曹国伟

维护人员:Kuan-Hao Chao

安装

要安装这个包，启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“RNASeqR”)

超文本标记语言	R脚本	基于一个自变量的RNA-Seq分析
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	对齐，聚类，DataImport，DifferentialExpression，ExperimentalDesign，FunctionalPrediction，去，GeneExpression，GeneSetEnrichment，遗传学，ImmunoOncology，基础设施，KEGG，归一化，通路，质量控制，RNASeq，测序，软件，可视化
版本	1.4.0
Bioconductor自	BioC 3.8 (R-3.5)(1.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 3.5.0),ggplot2，pathview，刨边机、方法
进口	Rsamtools、工具、网状，舞会礼服，gridExtra，rafalib，FactoMineR，factoextra，corrplot，PerformanceAnalytics，reshape2，DESeq2，systemPipeR，systemPipeRdata，clusterProfiler，org.Hs.eg.db，org.Sc.sgd.db，stringr，pheatmap， grDevices，图形，统计，效用，剂量，Biostrings、并行
链接
建议	knitr，png、网格RNASeqRData
SystemRequirements	RNASeqR仅支持Linux和macOS。窗口不支持。强烈推荐使用Python2。如果您的机器是Python3，请确保'2to3'命令可用。
增强了
URL	https://github.com/HowardChao/RNASeqR
BugReports	https://github.com/HowardChao/RNASeqR/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	RNASeqR_1.4.0.tar.gz
Windows二进制
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	RNASeqR_1.4.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/RNASeqR
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ RNASeqR
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/RNASeqR/
包下载报告	下载数据