ReactomePA

DOI:10.18129 / B9.bioc.ReactomePA

此包适用于Bioconductor的3.10版本;有关稳定的最新发布版本,请参见ReactomePA

反应组通路分析

Bioconductor版本:3.10

这个包提供了基于REACTOME路径数据库的路径分析功能。它实现了富集分析、基因集富集分析和可视化功能。

作者:余光创[aut, cre], Vladislav Petyuk [ctb]

维护人员:Guangchuang Yu

引用(从R中,输入引用(“ReactomePA”)):

安装

要安装这个包,启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("ReactomePA")

对于较老版本的R,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请从R开始并输入:

browseVignettes(“ReactomePA”)

超文本标记语言 R脚本 一个用于反应组路径分析的R包
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews 注释GeneSetEnrichmentMultipleComparison通路Reactome软件可视化
版本 1.30.0
在Bioconductor公司 BioC 2.10 (R-2.15)(8年)
许可证 GPL-2
取决于 R (>= 3.4.0)
进口 AnnotationDbi剂量(> = 3.5.1),enrichplotggplot2ggraphreactome.dbigraph石墨
链接
建议 BiocStyleclusterProfilerknitrorg.Hs.eg.dbprettydoctestthat
SystemRequirements
增强了
URL https://guangchuangyu.github.io/software/ReactomePA
BugReports https://github.com/GuangchuangYu/ReactomePA/issues
全靠我 maEndToEnd
进口我 bioCancerepihet林肯miRspongeRscTensor
建议我 ChIPseekerCINdexclusterProfiler可乐scGPS
给我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包 ReactomePA_1.30.0.tar.gz
Windows二进制 ReactomePA_1.30.0.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan) ReactomePA_1.30.0.tgz
源库 git clone https://git.bioconductor.org/packages/ReactomePA
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/ReactomePA
包短Url //www.andersvercelli.com/packages/ReactomePA/
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