Rhisat2

DOI:10.18129 / B9.bioc.Rhisat2

此包适用于Bioconductor 3.10版本;有关稳定的最新发布版本，请参见Rhisat2．

R包装HISAT2校准器

Bioconductor版本:3.10

Kim等人(2015)的HISAT2拼接短读对准器的R接口。该包包含用于创建基因组索引和对生成的索引执行读对齐的包装器函数。

作者:Charlotte Soneson [aut, cre]

维护者:Charlotte Soneson

安装

要安装这个包，启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install(" risat2 ")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“Rhisat2”)

超文本标记语言	R脚本	Rhisat2
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	对齐，测序，软件，SplicedAlignment
版本	1.2.0
在Bioconductor	BioC 3.9 (R-3.6)(1年)
许可证	GPL-3
取决于	R (>= 3.6)
进口	GenomicFeatures，SGSeq，GenomicRanges，方法，utils
链接
建议	testthat，knitr，rmarkdown，BiocStyle
SystemRequirements	GNU使
增强了
URL	https://github.com/fmicompbio/Rhisat2
BugReports	https://github.com/fmicompbio/Rhisat2/issues
全靠我
进口我	QuasR
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	Rhisat2_1.2.0.tar.gz
Windows二进制	Rhisat2_1.2.0.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	Rhisat2_1.2.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/Rhisat2
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/ risasat2
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/Rhisat2/
软件包下载报告	下载数据