Roleswitch

DOI:10.18129 / B9.bioc.Roleswitch

这个包是版本3.10的Bioconductor;有关稳定的最新发布版本，请参见Roleswitch．

使用来自单个样本的配对表达数据推断miRNA-mRNA相互作用

Bioconductor版本:3.10

使用来自单个样本的配对表达数据推断MiRNA-mRNA相互作用签名(ProMISe)的概率。Roleswitch通过推断mRNA (miRNA)成为miRNA (mRNA)的靶标(“靶标”)的概率，考虑到所有mRNA (miRNA)的表达，因为它们对同一miRNA (mRNA)有潜在的竞争。由于细胞中存在动态的miRNA抑制，Roleswitch假设总转录mRNA水平高于观察到的(平衡)mRNA水平，并根据上述推断迭代更新每个mRNA靶标的总转录。注:在本文中，我们使用ProMISe作为模型名称和推断分数名称。

作者:李跃

维护者:Yue Li

安装

要安装这个包，启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("Roleswitch")

对于旧版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，启动R并输入:

browseVignettes(“Roleswitch”)

PDF	R脚本	Roleswitch
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	软件，microrna的
版本	1.24.0
在Bioconductor中	BioC 2.13 (R-3.0)(6.5年)
许可证	GPL-2
取决于	R (>= 2.10)，pracma，重塑，plotrix，微，biomaRt，Biostrings，Biobase，DBI
进口
链接
建议	ggplot2
SystemRequirements
增强了
URL	http://www.cs.utoronto.ca/~yueli/roleswitch.html
这取决于我
进口我	miRLAB
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在您的R会话中使用此包的说明。

源包	Roleswitch_1.24.0.tar.gz
Windows二进制	Roleswitch_1.24.0.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	Roleswitch_1.24.0.tgz
源库	git clone https://git.bioconductor.org/packages/Roleswitch
源存储库(开发人员访问)	git clone git@git.bioconductor.org:packages/Roleswitch
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/Roleswitch/
软件包下载报告	下载数据