Rsubread

DOI:10.18129 / B9.bioc.Rsubread

此包适用于Bioconductor 3.10版本;有关稳定的最新发布版本，请参见Rsubread．

子读序列对齐和计数R

Bioconductor版本:3.10

第二代和第三代测序数据的比对、量化和分析。包括读取映射，读取计数，SNP调用，结构变异检测和基因融合发现功能。可应用于所有主要的测序技术和短序列和长序列读取。

作者:史伟，廖杨，戈登·K·史密斯，戴燕妮撰稿

维护者:Wei Shi < Shi at wehi.edu.au>， Yang Liao < Liao at wehi.edu.au>和Gordon K Smyth < Smyth at wehi.edu.au>

安装

要安装这个包，启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("Rsubread")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“Rsubread”)

PDF	R脚本	Rsubread装饰图案
PDF		SubreadUsersGuide.pdf
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	对齐，ChIPSeq，GeneExpression，GeneFusionDetection，GeneRegulation，GeneticVariability，遗传学，GenomeAnnotation，ImmunoOncology，IndelDetection，MultipleSequenceAlignment，预处理，质量控制，RNASeq，单核苷酸多态性，SequenceMatching，测序，SingleCell，软件，VariantAnnotation，VariantDetection
版本	2.0.1
在Bioconductor	BioC 2.8 (R-2.13)(9年)
许可证	GPL-3
取决于
进口	grDevices, stats, utils
链接
建议
SystemRequirements
增强了
URL	//www.andersvercelli.com/packages/Rsubread
全靠我	ExCluster，samExploreR
进口我	APAlyzer，dupRadar
建议我	icetea，scPipe，颈背，singleCellTK
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	Rsubread_2.0.1.tar.gz
Windows二进制	Rsubread_2.0.1.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	Rsubread_2.0.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/Rsubread
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/Rsubread
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/Rsubread/
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