S4Vectors

DOI:10.18129 / B9.bioc.S4Vectors

此包适用于Bioconductor 3.10版本;有关稳定的最新发布版本，请参见S4Vectors．

生物导体中矢量和列表容器的基础

Bioconductor版本:3.10

S4Vectors包定义了Vector和List虚拟类以及一组扩展r中普通Vector和列表语义的泛型函数。包开发人员可以轻松地将类Vector或类列表对象实现为Vector或List的具体子类。2021欧洲杯体育投注开户此外，在S4Vectors包本身中实现了一些常见的低级具体子类(例如DataFrame、Rle和Hits)(更多的子类在IRanges包和其他Bioconductor基础设施包中实现)。

作者:H. Pagès, M. Lawrence和P. Aboyoun

维护者:Bioconductor Package维护者< Maintainer at Bioconductor .org>

安装

要安装这个包，启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("S4Vectors")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“S4Vectors”)

PDF	R脚本	S4类系统的快速概述
PDF	R脚本	S4Vectors包概述
PDF	R脚本	Rle提示和技巧
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DataRepresentation，基础设施，软件
版本	0.24.4
在Bioconductor	BioC 3.0 (R-3.1)(5.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R(>= 3.3.0)，方法，utils, stats, stats4，BiocGenerics(> = 0.31.1)
进口
链接
建议	IRanges，GenomicRanges，SummarizedExperiment，矩阵，DelayedArray，ShortRead，图，data.table，RUnit，BiocStyle
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我	altcdfenvs，AnnotationHubData，ATACseqQC，Biostrings，BiSeq，BSgenome，bumphunter，红衣主教，CellMapper，CexoR，chimeraviz，ChIPComp，ChIPpeakAnno，chipseq，ChIPseqR，ClassifyR，食典委，coseq，CSAR，DelayedArray，DelayedDataFrame，DESeq2，DEXSeq，DirichletMultinomial，DMCFB，DMCHMM，DMRcaller，epigenomix，epihet，eQTL，ExperimentHubData，ExpressionAtlas，fCCAC，FlowSorted.Blood.EPIC，GA4GHclient，generegulation，GenoGAM，GenomeInfoDb，GenomicAlignments，GenomicFeatures，GenomicRanges，GenomicScores，GenomicTuples，girafe，groHMM，Gviz，HelloRanges，InPAS，InTAD，感兴趣，IRanges，LoomExperiment，MotifDb，MSnbase，MTseeker，NADfinder，NBAMSeq，OTUbase，pd.ag，pd.aragene.1.0.st，pd.aragene.1.1.st，pd.ath1.121501，pd.barley1，pd.bovgene.1.0.st，pd.bovgene.1.1.st，pd.bovine，pd.bsubtilis，pd.cangene.1.0.st，pd.cangene.1.1.st，pd.canine，pd.canine.2，pd.celegans，pd.chicken，pd.chigene.1.0.st，pd.chigene.1.1.st，pd.chogene.2.0.st，pd.chogene.2.1.st，pd.citrus，pd.clariom.d.human，pd.clariom.s.human，pd.clariom.s.human.ht，pd.clariom.s.mouse，pd.clariom.s.mouse.ht，pd.clariom.s.rat，pd.clariom.s.rat.ht，pd.cotton，pd.cyngene.1.0.st，pd.cyngene.1.1.st，pd.cyrgene.1.0.st，pd.cyrgene.1.1.st，pd.cytogenetics.array，pd.drogene.1.0.st，pd.drogene.1.1.st，pd.drosgenome1，pd.drosophila.2，pd.e.coli.2，pd.ecoli，pd.ecoli.asv2，pd.elegene.1.0.st，pd.elegene.1.1.st，pd.equgene.1.0.st，pd.equgene.1.1.st，pd.felgene.1.0.st，pd.felgene.1.1.st，pd.fingene.1.0.st，pd.fingene.1.1.st，pd.genomewidesnp.5，pd.genomewidesnp.6，pd.guigene.1.0.st，pd.guigene.1.1.st，pd.hc.g110，pd.hg.focus，pd.hg.u133.plus.2，pd.hg.u133a，pd.hg.u133a.2，pd.hg.u133a.tag，pd.hg.u133b，pd.hg.u219，pd.hg.u95a，pd.hg.u95av2，pd.hg.u95b，pd.hg.u95c，pd.hg.u95d，pd.hg.u95e，pd.hg18.60mer.expr，pd.ht.hg.u133.plus.pm，pd.ht.hg.u133a，pd.ht.mg.430a，pd.hta.2.0，pd.hu6800，pd.huex.1.0.st.v2，pd.hugene.1.0.st.v1，pd.hugene.1.1.st.v1，pd.hugene.2.0.st，pd.hugene.2.1.st，pd.maize，pd.mapping250k.nsp，pd.mapping250k.sty，pd.mapping50k.hind240，pd.mapping50k.xba240，pd.margene.1.0.st，pd.margene.1.1.st，pd.medgene.1.0.st，pd.medgene.1.1.st，pd.medicago，pd.mg.u74a，pd.mg.u74av2，pd.mg.u74b，pd.mg.u74bv2，pd.mg.u74c，pd.mg.u74cv2，pd.mirna.1.0，pd.mirna.2.0，pd.mirna.3.0，pd.mirna.4.0，pd.moe430a，pd.moe430b，pd.moex.1.0.st.v1，pd.mogene.1.0.st.v1，pd.mogene.1.1.st.v1，pd.mogene.2.0.st，pd.mogene.2.1.st，pd.mouse430.2，pd.mouse430a.2，pd.mta.1.0，pd.mu11ksuba，pd.mu11ksubb，pd.nugo.hs1a520180，pd.nugo.mm1a520177，pd.ovigene.1.0.st，pd.ovigene.1.1.st，pd.pae.g1a，pd.plasmodium.anopheles，pd.poplar，pd.porcine，pd.porgene.1.0.st，pd.porgene.1.1.st，pd.rabgene.1.0.st，pd.rabgene.1.1.st，pd.rae230a，pd.rae230b，pd.raex.1.0.st.v1，pd.ragene.1.0.st.v1，pd.ragene.1.1.st.v1，pd.ragene.2.0.st，pd.ragene.2.1.st，pd.rat230.2，pd.rcngene.1.0.st，pd.rcngene.1.1.st，pd.rg.u34a，pd.rg.u34b，pd.rg.u34c，pd.rhegene.1.0.st，pd.rhegene.1.1.st，pd.rhesus，pd.rice，pd.rjpgene.1.0.st，pd.rjpgene.1.1.st，pd.rn.u34，pd.rta.1.0，pd.rusgene.1.0.st，pd.rusgene.1.1.st，pd.s.aureus，pd.soybean，pd.soygene.1.0.st，pd.soygene.1.1.st，pd.sugar.cane，pd.tomato，pd.u133.x3p，pd.vitis.vinifera，pd.wheat，pd.x.laevis.2，pd.x.tropicalis，pd.xenopus.laevis，pd.yeast.2，pd.yg.s98，pd.zebgene.1.0.st，pd.zebgene.1.1.st，pd.zebrafish，plethy，Rcwl，RepViz，RIPSeeker，RNAmodR，RnBeads，segmentSeq，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP141.GRCh38，SQLDataFrame，Structstrings，SummarizedBenchmark，TimeSeriesExperiment，topdownr，TreeSummarizedExperiment，三层，VariantExperiment，VariantTools，火神，XtraSNPlocs.Hsapiens.dbSNP141.GRCh38，XVector
进口我	适应，affycoretools，ALDEx2，AllelicImbalance，高山，amplican，anamiR，AneuFinder，微生物，AnnotationDbi，AnnotationForge，AnnotationHub，annotatr，appreci8R，ArrayTV，ASpediaFI，ASpli，AUCell，BadRegionFinder，舞会礼服，基础知识，BasicSTARRseq，后面;，BiocNeighbors，BiocOncoTK，BiocSingular，biotmle，biovizBase，biscuiteer，BiSeq，BitSeq，bnbc，BPRMeth，分歧点，breakpointR，BSgenome，bsseq，BUSpaRse，CAGEfightR，篮球选手，卡斯珀，催化剂，ccfindR，celaref，celda，cgdv17，印度豹，别致的，ChIPanalyser，chipenrich，chipenrich.data，ChIPexoQual，ChIPQC，ChIPseeker，chipseqDBData，ChIPSeqSpike，chromstaR，chromswitch，chromVAR，西塞罗，CINdex，circRNAprofiler，切肉刀，CluMSID，clusterExperiment，cn.mops，cn，CNVPanelizer，CNVRanger，可可，CoGAPS，彗星，compEpiTools，consensusDE，consensusSeekeR，contiBAIT，copynumber，文案，CoverageView，CRISPRseek，CrispRVariants，csaw，CTDquerier，腰带，curatedMetagenomicData，curatedTCGAData，customProDB，cydar，DChIPRep，debrowser，解读，decompTumor2Sig，反编排，DEGreport，DelayedMatrixStats，derfinder，derfinderHelper，derfinderPlot，DEScan2，DEWSeq，DiffBind，diffcyt，diffHic，diffloop，DiscoRhythm，DMRcate，dmrseq，剂量，定量给料器，DRIMSeq，DropletUtils，easyRNASeq，eegc，埃尔默，ENCODExplorer，ENmix，EnrichmentBrowser，enrichTF，ensembldb，ensemblVEP，epivizr，epivizrData，epivizrStandalone，erma，esATAC，EventPointer，ExperimentHub，FastqCleaner，fastseg，FindMyFriends，鱼池，fitCons.UCSC.hg19，FunciSNP，GA4GHshiny，gcapc，GDSArray，genbankr，GeneRegionScan，《创世纪》，GeneStructureTools，genomation，genomeIntervals，GenomicAlignments，GenomicDataCommons，GenomicFiles，GenomicInteractions，GenomicOZone，genoset，GGBase，ggbio，GGtools，Glimma，gmapR，还装有，哥特，gQTLBase，gQTLstats，GRmetrics，GSEABenchmarkeR，GUIDEseq，gwascat，h5vc，HCABrowser，HCAExplorer，HDF5Array，HiCBricks，HiCcompare，希尔达，hipathia，hmdbQuery，HMP16SData，HMP2Data，HTSeqGenie，HumanTranscriptomeCompendium，icetea，理想的，ima，ImpulseDE2，检查，InteractionSet，InterMineR，iSEE，isomiRs，iva，ivygapSE，IWTomics，JunctionSeq，karyoploteR，烤肉串，lionessR，lipidr，loci2path，萝拉，M3D，MACPET，MADSEQ，MafDb.1Kgenomes.phase1.GRCh38，MafDb.1Kgenomes.phase1.hs37d5，MafDb.1Kgenomes.phase3.GRCh38，MafDb.1Kgenomes.phase3.hs37d5，MafDb.ESP6500SI.V2.SSA137.GRCh38，MafDb.ESP6500SI.V2.SSA137.hs37d5，MafDb.ExAC.r1.0.GRCh38，MafDb.ExAC.r1.0.hs37d5，MafDb.ExAC.r1.0.nonTCGA.GRCh38，MafDb.ExAC.r1.0.nonTCGA.hs37d5，MafDb.gnomAD.r2.1.GRCh38，MafDb.gnomAD.r2.1.hs37d5，MafDb.gnomAD.r3.0.GRCh38，MafDb.gnomADex.r2.1.GRCh38，MafDb.gnomADex.r2.1.hs37d5，MafDb.TOPMed.freeze5.hg19，MafDb.TOPMed.freeze5.hg38，马提尼，桅杆，mCSEA，餐，meshr，metagenomeFeatures，MetCirc，MethCP，methInheritSim，methylCC，methylInheritance，methylKit，methylPipe，methylumi，methyvim，mimager，minfi，MinimumDistance，米拉，海市蜃楼，missRows，MMAPPR2，MMDiff2，Modstrings，马赛克，MOSim，motifbreakR，motifmatchr，MotIV，MouseGastrulationData，mpra，msa，msgbsR，MultiAssayExperiment，MultiDataSet，马斯喀特，MutationalPatterns，mygene，myvariant，NarrowPeaks，nucleoSim，诊断，oligoClasses，ontoProc，openPrimeR，ORFik，Organism.dplyr，OrganismDbi，先驱者，PAIRADISE，panelcn.mops，过去的，PathwaySplice，Pbase，pcaExplorer，pd.atdschip.tiling，pdInfoBuilder，PGA，phastCons100way.UCSC.hg19，phastCons100way.UCSC.hg38，phastCons7way.UCSC.hg38，phemd，图片，平，plyranges，pogo，聚酯，PowerExplorer，pqsfinder，婴儿车，prebs，PrecisionTrialDrawer，primirTSS，procoil，proDA，profileplyr，pulsedSilac，PureCN，qcmetrics，qpgraph，QuasR，R3CPET，R453Plus1Toolbox，RaggedExperiment，RareVariantVis，Rariant，Rcade，美国广播公司，重新计票，地区，regionReport，regsplice，REMP，Repitools，restfulSE，rexposome，RGMQL，rhdf5client，RiboProfiling，RJMCMCNucleosomes，RMassBank，Rmmquant，RNAmodR。AlkAnilineSeq，RNAmodR。毫升，RNAmodR。RiboMethSeq，RNAprobR，咆哮，Rqc，Rsamtools，rScudo，RTCGAToolbox，研制，rtracklayer，SC3，嘘，scDD，scds，scmap，scMerge，SCnorm，scPipe，食物，scRNAseq，颈背，scTensor，scTGIF，SeqArray，seqCAT，seqplots，seqsetvis，SeqSQC，SeqVarTools，芝麻，sevenbridges，sevenC，SGSeq，ShortRead，SingleCellExperiment，singleCellTK，单，singscore，skewr，击杀，SNPchip，SNPhood，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20101109，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP141.GRCh38，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP144.GRCh37，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP144.GRCh38，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP149.GRCh38，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP150.GRCh38，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP151.GRCh38，soGGi，SomaticCancerAlterations，SomaticSignatures，猎犬，飞溅，SplicingGraphs，分裂，sRACIPE，srnadiff，斯坦，strandCheckR，SummarizedExperiment，TarSeqQC，TCGAbiolinks，TCGAutils，TFBSTools，TFHAZ，三硝基甲苯，trackViewer，tradeSeq，transcriptR，TransView，时尚的，tRNA，tRNAdbImport，tRNAscanImport，TSRchitect，TVTB，twoddpcr，tximeta，TxRegInfra，Ularcirc，universalmotif，VanillaICE，VariantAnnotation，VariantFiltering，VCFArray，wavClusteR，wiggleplotr，XCIR，xcms，XtraSNPlocs.Hsapiens.dbSNP141.GRCh38，XtraSNPlocs.Hsapiens.dbSNP144.GRCh37，XtraSNPlocs.Hsapiens.dbSNP144.GRCh38，XVector，山药
建议我	alternativeSplicingEvents.hg19，alternativeSplicingEvents.hg38，BiocGenerics，curatedAdipoChIP，curatedAdipoRNA，epivizrChart，globalSeq，GWASTools，RTCGA，StructuralVariantAnnotation，TFEA。芯片，TFutils
链接到我	Biostrings，cn，解读，DelayedArray，GenomicAlignments，GenomicRanges，HDF5Array，IRanges，烤肉串，MatrixRider，Rsamtools，rtracklayer，ShortRead，Structstrings，三层，VariantAnnotation，VariantFiltering，XVector
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	S4Vectors_0.24.4.tar.gz
Windows二进制	S4Vectors_0.24.4.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	S4Vectors_0.24.4.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/S4Vectors
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/S4Vectors
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/S4Vectors/
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