Snprelate
doi：10.18129/b9.bioc.snprelate
此软件包适用于生物导体的3.10版；对于稳定的最新版本，请参阅Snprelate。
SNP数据的相关性和主成分分析的并行计算工具集
生物导体版本：3.10
全基因组关联研究（GWAS）被广泛用于研究疾病和特征的遗传基础，但它们构成了许多计算挑战。我们开发了一个R软件包SNPRELATE，以使用CoreArray基因组数据结构（GDS）数据文件提供GWAS中单核苷酸多态性（SNP）数据的二进制格式。GDS格式提供了专门为有两个位的整数设计的高效操作，因为SNP只能占据两个位。SNPRELATE还旨在使用用于多核对称的多核多处理计算机体系结构的并行计算在SNP数据上加速两个关键计算：主要组件分析（PCA）和相关性分析使用逐个逐渐度量的措施。SNP GDS格式也由Gwastools软件包使用S4类和通用功能。扩展的GDS格式在SEQARRAY软件包中实现，以支持单核苷酸变化（SNV），插入/删除多态性（INDEL）和整个基因组和全型变体数据中的呼叫的存储。
作者：Xiuwen Zheng [AUT，CRE，CPH]
，Stephanie Gogarten [CTB]，Cathy Laurie [CTB]，Bruce Weir [CTB，THS]
维护者：Xiuwen Zheng
引用（从r内，输入引用（“ Snprelate”））：
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“ 3.6”）并输入：
if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ snprelate”）
对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。
文档
要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：
Browsevignettes（“ Snprelate”）
| html | R脚本 | Snprelate教程 |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 消息 |
细节
| 生物浏览 | 遗传学，，，，基础设施，，，，委托人，，，，软件，，，，统计信息 |
| 版本 | 1.20.1 |
| 在生物导体中 | Bioc 3.0（R-3.1）（5。5年） |
| 执照 | GPL-3 |
| 要看 | r（> = 2.15），GDSFMT（> = 1.8.3） |
| 进口 | 方法 |
| 链接 | GDSFMT |
| 建议 | 平行，矩阵，，，，运行，，，，尼特，，，，大量的，，，，生物基因 |
| 系统要求 | |
| 增强 | Seqarray（> = 1.12.0） |
| URL | http://github.com/zhengxwen/snprelatehttp://corearray.sourceforge.net/tutorials/snprelate/ |
| BugReports | http://github.com/zhengxwen/snprelate/issues |
| 取决于我 | seqsqc |
| 进口我 | cnvranger，，，，GDSARRAY，，，，创世纪，，，，Gwasurvivr，，，，variantexperiment |
| 建议我 | Gwastools，，，，希巴格，，，，Saigegds，，，，Seqarray |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包装档案
跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。
| 源包 | snprelate_1.20.1.tar.gz |
| Windows二进制 | snprelate_1.20.1.zip（32-和64位） |
| Mac OS X 10.11（El Capitan） | snprelate_1.20.1.tgz |
| 源存储库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/snprelate |
| 源存储库（开发人员访问） | git clone git@git.bioconductor.org：包装/snprelate |
| 包装短URL | //www.andersvercelli.com/packages/snprelate/ |
| 软件包下载报告 | 下载统计 |
