此包适用于Bioconductor的3.10版本;有关稳定的最新发布版本,请参见SRAdb.
Bioconductor版本:3.10
序列读取档案(SRA)是来自下一代测序平台的最大的公共测序数据仓库,包括Roche 454 GS系统,Illumina基因组分析仪,Applied Biosystems SOLiD System, Helicos Heliscope等。然而,使用当前的工具查找感兴趣的数据可能是一项挑战。SRAdb试图使访问与提交、研究、样本、实验和运行相关的元数据变得更加可行。这是通过将所有NCBI SRA元数据解析到一个可以在本地存储和查询的SQLite数据库来实现的。包中的全文搜索使得查询元数据非常灵活和强大。Fastq和sra文件可以下载到本地进行对齐。除了ftp协议,SRAdb还支持fastp协议(来自Aspera Connect的ascp)的功能,可以更快地远程下载大数据文件。随着新数据被添加到SRA, SQLite数据库会定期更新,并且可以随意下载最新的元数据。
作者:Jack Zhu和Sean Davis
维护人员:Jack Zhu
引用(从R中,输入引用(“SRAdb”)
):
要安装这个包,启动R(版本“3.6”)并输入:
如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")
对于较老版本的R,请参考相应的Bioconductor释放.
要查看系统中安装的此包版本的文档,请从R开始并输入:
browseVignettes(“SRAdb”)
R脚本 | 使用SRAdb查询序列读存档 | |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 |
biocViews | DataImport,基础设施,测序,软件 |
版本 | 1.48.2 |
Bioconductor自 | BioC 2.6 (R-2.11)(10年) |
许可证 | 艺术- 2.0 |
取决于 | RSQLite,图,RCurl |
进口 | GEOquery |
链接 | |
建议 | Rgraphviz |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | http://gbnci.abcc.ncifcrf.gov/sra/ |
BugReports | https://github.com/seandavi/SRAdb/issues/new |
取决于我 | |
进口我 | |
建议我 | parathyroidSE |
我的链接 | |
构建报告 |
遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。
源包 | SRAdb_1.48.2.tar.gz |
Windows二进制 | SRAdb_1.48.2.zip |
Mac OS X 10.11 (El Capitan) | SRAdb_1.48.2.tgz |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/SRAdb |
源存储库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/ SRAdb |
包短Url | //www.andersvercelli.com/packages/SRAdb/ |
包下载报告 | 下载数据 |
支持»
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