SRAdb

DOI:10.18129 / B9.bioc.SRAdb

此包适用于Bioconductor的3.10版本;有关稳定的最新发布版本，请参见SRAdb．

NCBI SRA和工具的元数据编译

Bioconductor版本:3.10

序列读取档案(SRA)是来自下一代测序平台的最大的公共测序数据仓库，包括Roche 454 GS系统，Illumina基因组分析仪，Applied Biosystems SOLiD System, Helicos Heliscope等。然而，使用当前的工具查找感兴趣的数据可能是一项挑战。SRAdb试图使访问与提交、研究、样本、实验和运行相关的元数据变得更加可行。这是通过将所有NCBI SRA元数据解析到一个可以在本地存储和查询的SQLite数据库来实现的。包中的全文搜索使得查询元数据非常灵活和强大。Fastq和sra文件可以下载到本地进行对齐。除了ftp协议，SRAdb还支持fastp协议(来自Aspera Connect的ascp)的功能，可以更快地远程下载大数据文件。随着新数据被添加到SRA, SQLite数据库会定期更新，并且可以随意下载最新的元数据。

作者:Jack Zhu和Sean Davis

维护人员:Jack Zhu

安装

要安装这个包，启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“SRAdb”)

PDF	R脚本	使用SRAdb查询序列读存档
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DataImport，基础设施，测序，软件
版本	1.48.2
Bioconductor自	BioC 2.6 (R-2.11)(10年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	RSQLite，图，RCurl
进口	GEOquery
链接
建议	Rgraphviz
SystemRequirements
增强了
URL	http://gbnci.abcc.ncifcrf.gov/sra/
BugReports	https://github.com/seandavi/SRAdb/issues/new
取决于我
进口我
建议我	parathyroidSE
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	SRAdb_1.48.2.tar.gz
Windows二进制	SRAdb_1.48.2.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	SRAdb_1.48.2.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/SRAdb
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ SRAdb
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/SRAdb/
包下载报告	下载数据