SeqSQC

DOI:10.18129 / B9.bioc.SeqSQC

这个包是版本3.10的Bioconductor;有关稳定的最新发布版本，请参见SeqSQC。

生物导体包样品质量检查与下一代测序数据

Bioconductor版本:3.10

SeqSQC旨在识别NGS数据中的问题样本，包括性别不匹配、污染、隐性相关性和种群异常值的样本。

作者:刘谦[aut, cre]

维护者:刘谦< qliu7@buffalo.edu >

安装

要安装这个包，启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"，悄然= TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("SeqSQC")

对于旧版本的R，请参考相应的Bioconductor释放。

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，启动R并输入:

browseVignettes(“SeqSQC”)

超文本标记语言	R脚本	用SeqSQC检测下一代测序数据的样品质量
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	实验数据，基因组，Homo_sapiens_Data，Project1000genomes，测序数据，软件
版本	1.8.1
在Bioconductor中	BioC 3.6 (R-3.4)(2.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (>= 3.4)，ExperimentHub(> = 1.3.7),SNPRelate(> = 1.10.2)
进口	e1071，GenomicRanges，gdsfmt，ggplot2，GGally，IRanges、方法、rbokeh，RColorBrewer，reshape2，rmarkdown，S4Vectors，统计，utils
链接
建议	BiocStyle，knitr，testthat
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/Liubuntu/SeqSQC
BugReports	https://github.com/Liubuntu/SeqSQC/issues
这取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在您的R会话中使用此包的说明。

源包	SeqSQC_1.8.1.tar.gz
Windows二进制	SeqSQC_1.8.1.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	SeqSQC_1.8.1.tgz
源库	git clone https://git.bioconductor.org/packages/SeqSQC
源存储库(开发人员访问)	git clone git@git.bioconductor.org:packages/SeqSQC
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/SeqSQC/
软件包下载报告	下载数据