topaseq
doi：10.18129/b9.bioc.topaseq
此软件包适用于生物导体的3.10版；对于稳定的最新版本，请参阅topaseq。
基于拓扑的RNA-seq数据途径分析
生物导体版本：3.10
实施基于拓扑的RNA-seq数据分析方法。这包括对途径表型关联的拓扑分析（Tappa; Gao和Wang，2007），途径富集分析（PWEA； Hung等，2010）和途径调节评分（PRS； Ibrahim等，2012）。
作者：伊万娜·伊纳托娃（Ivana Ihnatova），伊娃·布丁斯卡（Eva Budinska），路德维格·盖斯特林格
维护者：ivana ihnatova
引用（从r内，输入引用（“ topaseq”））：
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“ 3.6”）并输入：
if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ topaseq”）
对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。
文档
要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：
browsevignettes（“ topaseq”）
| html | R脚本 | 八种基于拓扑的RNA-seq数据途径分析的方法 |
| html | R脚本 | 基于拓扑的RNA-seq数据途径分析 |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 消息 |
细节
| 生物浏览 | 差异性，，，，基因表达，，，，GraphandNetwork，，，，免疫学，，，，NetworkEnrichment，，，，途径，，，，rnaseq，，，，软件，，，，可视化 |
| 版本 | 1.20.0 |
| 在生物导体中 | Bioc 3.0（R-3.1）（5。5年） |
| 执照 | AGPL-3 |
| 要看 | r（> = 3.5.0），石墨 |
| 进口 | RCPP，，，，图形， 方法，生物酶，，，，rbgl，，，，总结性特征，，，，Grbase，，，，林玛，，，，公司 |
| 链接 | RCPP |
| 建议 | 生物使用，，，，呼吸道，，，，尼特，，，，rmarkDown，，，，deseq2，，，，deseq，，，，EDGER，，，，plotrix，，，，乳腺癌，，，，富集兄弟 |
| 系统要求 | |
| 增强 | |
| URL | |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包装档案
跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。
| 源包 | topaseq_1.20.0.tar.gz |
| Windows二进制 | topaseq_1.20.0.zip |
| Mac OS X 10.11（El Capitan） | topaseq_1.20.0.tgz |
| 源存储库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/topaseq |
| 源存储库（开发人员访问） | git clone git@git.bioconductor.org：packages/topaseq |
| 包装短URL | //www.andersvercelli.com/packages/topaseq/ |
| 软件包下载报告 | 下载统计 |
