XBSEQ
doi：10.18129/b9.bioc.xbseq
此软件包适用于生物导体的3.10版；对于稳定的最新版本，请参阅XBSEQ。
测试RNA-seq数据的差分表达
生物导体版本：3.10
我们开发了一种新型算法XBSEQ，基于观察到的信号是真实表达信号和测序噪声的卷积的假设，建立了一个统计模型。在非例外区域中的映射读数被认为是测序噪声，遵循泊松分布。鉴于可测量的观察到来自RNA-seq数据的噪声信号，假设可以划定受负二项式分布控制的真实表达信号，从而可以描绘出差异表达基因的准确检测。
作者：Yuanhang Liu
维护者：yuanhang liu
引用（从r内，输入引用（“ XBSEQ”））：
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“ 3.6”）并输入：
if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ xbseq”）
对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。
文档
要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：
browsevignettes（“ xbseq”）
| html | R脚本 | 使用XBSEQ软件包对计数数据的差分表达和APA使用分析 |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 消息 |
细节
| 生物浏览 | 差异性，，，，实验设计，，，，免疫学，，，，rnaseq，，，，测序，，，，软件 |
| 版本 | 1.18.0 |
| 在生物导体中 | Bioc 3.2（R-3.2）（4。5年） |
| 执照 | GPL（> = 3） |
| 要看 | deseq2，r（> = 3.3） |
| 进口 | pracma，，，，矩阵，，，，Locfit，，，，GGPLOT2， 方法，生物酶，，，，dplyr，，，，马格里特，，，，怒吼 |
| 链接 | |
| 建议 | 尼特，，，，deseq，，，，rmarkDown，，，，生物使用，，，，测试 |
| 系统要求 | |
| 增强 | |
| URL | https://github.com/liuy12/xbseq |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包装档案
跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。
| 源包 | XBSEQ_1.18.0.TAR.GZ |
| Windows二进制 | XBSEQ_1.18.0.ZIP |
| Mac OS X 10.11（El Capitan） | XBSEQ_1.18.0.TGZ |
| 源存储库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/xbseq |
| 源存储库（开发人员访问） | git clone git@git.bioconductor.org：packages/xbseq |
| 包装短URL | //www.andersvercelli.com/packages/xbseq/ |
| 软件包下载报告 | 下载统计 |
