affxparser

DOI:10.18129 / B9.bioc.affxparser

此包适用于Bioconductor 3.10版本;有关稳定的最新发布版本,请参见affxparser

Affymetrix文件解析SDK

Bioconductor版本:3.10

用于解析Affymetrix文件的包(CDF, CEL, CHP, BPMAP, BAR)。它使用Affymetrix的Fusion SDK提供了快速和内存高效解析Affymetrix文件的方法。支持基于ASCII和二进制的文件。目前,有读取芯片定义文件(CDF)和单元强度文件(CEL)的方法。这些文件可以全部读取,也可以部分读取。例如,可以非常快速地从一组CEL文件中提取来自几个探测集的探测信号到一个方便的列表结构中。

作者:Henrik Bengtsson [aut], James Bullard [aut], Robert Gentleman [ctb], Kasper Daniel Hansen [aut, cre], Jim Hester [ctb], Martin Morgan [ctb]

维护者:Kasper Daniel Hansen

引文(从R内,输入引用(“affxparser”)):

安装

要安装这个包,启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("affxparser")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews DataImport基础设施微阵列OneChannelProprietaryPlatforms软件
版本 1.58.0
在Bioconductor BioC 1.7 (R-2.2)(14.5年)
许可证 LGPL (>= 2)
取决于 R (>= 2.14.0)
进口
链接
建议 R.oo(> = 1.22.0),R.utils(> = 2.7.0),AffymetrixDataTestFiles
SystemRequirements
增强了
URL https://github.com/HenrikBengtsson/affxparser
BugReports https://github.com/HenrikBengtsson/affxparser/issues
全靠我 斜体pdInfoBuilder斯塔尔
进口我 affyILMcn.farmscrossmetaEventPointerGCSscoreGeneRegionScan斜体益生元
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包 affxparser_1.58.0.tar.gz
Windows二进制 affxparser_1.58.0.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.11 (El Capitan) affxparser_1.58.0.tgz
源库 Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/affxparser
源存储库(开发人员访问) Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/affxparser
包短Url //www.andersvercelli.com/packages/affxparser/
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