annotatr

DOI:10.18129 / B9.bioc.annotatr

此包适用于Bioconductor 3.10版本;有关稳定的最新发布版本，请参见annotatr．

基因组区域注释到基因组注释

Bioconductor版本:3.10

给定一组基因组位点/区域(例如ChIP-seq峰值、CpGs、差异甲基化CpGs或区域、snp等)，研究交叉的基因组注释通常是有兴趣的。这些注释包括与基因模型(启动子、5' utr、外显子、内含子和3' utr)、CpG (CpG岛、CpG海岸、CpG货架)或调控序列(如增强子)相关的注释。annotatr包提供了一种简单的方法，通过基因组注释总结和可视化基因组位点/区域的交集。

作者:Raymond G. Cavalcante [aut, cre]， Maureen A. Sartor [ths]

维护者:Raymond G. Cavalcante

安装

要安装这个包，启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("annotatr")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“annotatr”)

超文本标记语言	R脚本	装饰图案的标题
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	注释，FunctionalGenomics，GenomeAnnotation，软件，可视化
版本	1.12.1
在Bioconductor	BioC 3.4 (R-3.3)(3.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (>= 3.4.0)
进口	AnnotationDbi，AnnotationHub，dplyr，GenomicFeatures，GenomicRanges，GenomeInfoDb(> = 1.10.3),ggplot2，IRanges、方法、readr，地区，reshape2，rtracklayer，S4Vectors(>= 0.23.10)， stats, utils
链接
建议	BiocStyle，devtools，knitr，org.Dm.eg.db，org.Gg.eg.db，org.Hs.eg.db，org.Mm.eg.db，org.Rn.eg.db，rmarkdown，roxygen2，testthat，TxDb.Dmelanogaster.UCSC.dm3.ensGene，TxDb.Dmelanogaster.UCSC.dm6.ensGene，TxDb.Ggallus.UCSC.galGal5.refGene，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene，TxDb.Mmusculus.UCSC.mm9.knownGene，TxDb.Mmusculus.UCSC.mm10.knownGene，TxDb.Rnorvegicus.UCSC.rn4.ensGene，TxDb.Rnorvegicus.UCSC.rn5.refGene，TxDb.Rnorvegicus.UCSC.rn6.refGene
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	https://www.github.com/rcavalcante/annotatr/issues
全靠我
进口我	dmrseq，scmeth
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	annotatr_1.12.1.tar.gz
Windows二进制	annotatr_1.12.1.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	annotatr_1.12.1.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/annotatr
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/annotatr
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/annotatr/
软件包下载报告	下载数据