basecallQC

DOI:10.18129 / B9.bioc.basecallQC

这个包是版本3.10的Bioconductor;有关稳定的最新发布版本，请参见basecallQC。

与Illumina基础调用和解复用输入和输出文件的工作

Bioconductor版本:3.10

basecallQC包提供了与Illumina bcl2Fastq(版本>= 2.1.7)软件一起工作的工具。在使用bcl2Fastq软件进行基调用和解复用之前，basecallQC功能允许用户将Illumina样品表从版本<= 1.8.9更新到>= 2.1.7标准，清除样品表的常见问题，如无效的样品名称和id，创建读取和索引基掩码以及bcl2Fastq命令。在生成basecallQC和解复用数据之后，basecallQC包允许用户从Illumina XML输出文件生成HTML表格、绘图和自包含的汇总指标报告。

作者:托马斯·卡罗尔和玛丽安·多雷

维护者:Thomas Carroll

安装

要安装这个包，启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("basecallQC")

对于旧版本的R，请参考相应的Bioconductor释放。

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，启动R并输入:

browseVignettes(“basecallQC”)

超文本标记语言	R脚本	装饰图案的标题
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DataImport，基础设施，质量控制，测序，软件
版本	1.10.0
在Bioconductor中	BioC 3.5 (R-3.4)(3年)
许可证	GPL (>= 3)
取决于	R (>= 3.4)， stats, utils, methods，rmarkdown，knitr，prettydoc，yaml
进口	ggplot2，stringr，XML，光栅，dplyr，data.table，tidyr，magrittr，DT，lazyeval，ShortRead
链接
建议	testthat，BiocStyle
SystemRequirements	bcl2Fastq(版本>= 2.1.7)
增强了
URL
这取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在您的R会话中使用此包的说明。

源包	basecallQC_1.10.0.tar.gz
Windows二进制	basecallQC_1.10.0.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	basecallQC_1.10.0.tgz
源库	git clone https://git.bioconductor.org/packages/basecallQC
源存储库(开发人员访问)	git clone git@git.bioconductor.org:packages/basecallQC
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/basecallQC/
软件包下载报告	下载数据