biomformat

DOI:10.18129 / B9.bioc.biomformat

这个包是版本3.10的Bioconductor;有关稳定的最新发布版本，请参见biomformat。

BIOM文件格式的接口包

Bioconductor版本:3.10

这是一个与BIOM格式接口的R包。这个包包括读取生物格式文件的基本工具，从生物对象(这比单个表更复杂)访问和子集数据表，以及将生物对象写回生物格式文件的有限支持。这个API的设计旨在与python API和生物格式项目中包含的其他工具相匹配，但带有R用户应该熟悉的“R风格”。这包括S4类和方法，以及常见核心函数/方法的扩展。

作者:Paul J. McMurdie < McMurdie at stanford.edu>和Joseph N Paulson

维护者:Paul J. McMurdie < McMurdie at stanford.edu b>

安装

要安装这个包，启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"，悄然= TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("biomformat")

对于旧版本的R，请参考相应的Bioconductor释放。

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，启动R并输入:

browseVignettes(“biomformat”)

超文本标记语言	R脚本	生物格式包Vignette
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DataImport，ImmunoOncology，宏基因组，微生物组，软件
版本	1.14.0
在Bioconductor中	BioC 3.3 (R-3.3)(4年)
许可证	GPL-2
取决于	R(>= 3.2)，方法
进口	plyr(> = 1.8),jsonlite(> = 0.9.16),矩阵(> = 1.2),rhdf5
链接
建议	testthat(> = 0.10),knitr(> = 1.10),BiocStyle(> = 1.6),rmarkdown(> = 0.7)
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/joey711/biomformat/http://biom-format.org/
BugReports	https://github.com/joey711/biomformat/issues
这取决于我
进口我	微生物，phyloseq
建议我	metagenomeSeq
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在您的R会话中使用此包的说明。

源包	biomformat_1.14.0.tar.gz
Windows二进制	biomformat_1.14.0.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	biomformat_1.14.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/biomformat
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/biomformat
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/biomformat/
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