限幅器

DOI:10.18129 / B9.bioc.clipper

这个包是版本3.10的Bioconductor;有关稳定的最新发布版本，请参见限幅器。

利用路径拓扑的基因集分析

Bioconductor版本:3.10

使用两步经验方法实现拓扑基因集分析。它利用图分解理论来创建连接树并重建最相关的信号路径。在第一步中，clipper根据对路径拓扑图的均值和集中矩阵的统计检验选择显著路径。然后，它“剪辑”整个通路，识别与特定表型有最大关联的信号通路。

作者:Paolo Martini < Paolo。Cavei在gmail.com>，Gabriele Sales , Chiara Romualdi

维护者:Paolo Martini < Paolo。Cavei在gmail.com>

安装

要安装这个包，启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"，悄然= TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("clipper")

对于旧版本的R，请参考相应的Bioconductor释放。

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，启动R并输入:

browseVignettes(“快船”)

PDF	R脚本	限幅器
PDF		参考手册

细节

biocViews	软件
版本	1.26.0
在Bioconductor中	BioC 2.12 (R-3.0)(7年)
许可证	AGPL-3
取决于	R (>= 2.15.0)，矩阵，图
进口	方法,Biobase，Rcpp，igraph，gRbase(> = 1.6.6),qpgraph，KEGGgraph，corpcor，RBGL
链接
建议	RUnit，BiocGenerics，石墨，所有，hgu95av2.db，质量，BiocStyle
SystemRequirements
增强了	RCy3
URL
这取决于我
进口我
建议我	石墨
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在您的R会话中使用此包的说明。

源包	clipper_1.26.0.tar.gz
Windows二进制	clipper_1.26.0.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	clipper_1.26.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/clipper
源存储库(开发人员访问)	Git clone git@git.bioconductor.org:packages/clipper
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/clipper/
软件包下载报告	下载数据