clusterProfiler

DOI:10.18129 / B9.bioc.clusterProfiler

这个包是3.10版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅clusterProfiler。

统计分析和可视化的基因和基因的功能配置集群

Bioconductor版本:3.10

这个包实现方法分析和可视化功能配置(去和KEGG)的基因和基因集群。

作者:Guangchuang Yu (cre, aut cph]王,李亘[所有],乔凡尼达尔奥廖[所有](compareCluster公式接口)

维护人员:Guangchuang于< guangchuangyu gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“clusterProfiler”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“clusterProfiler”)

HTML	R脚本	统计分析和可视化的基因和基因的功能配置集群
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	注释,聚类,去,GeneSetEnrichment,KEGG,MultipleComparison,通路,Reactome,软件,可视化
版本	3.14.3
Bioconductor自	BioC 2.8 (r - 2.13)(9年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 3.4.0)
进口	AnnotationDbi,剂量(> = 3.5.1),enrichplot(> = 0.99.7),ggplot2,GO.db,GOSemSim,magrittr、方法、plyr,qvalue,rvcheck统计数据,tidyr,跑龙套
链接
建议	AnnotationHub,dplyr,KEGG.db,knitr,org.Hs.eg.db,prettydoc,ReactomePA,testthat
SystemRequirements
增强了
URL	https://guangchuangyu.github.io/software/clusterProfiler
BugReports	https://github.com/GuangchuangYu/clusterProfiler/issues
取决于我	maEndToEnd
进口我	bioCancer,CEMiTool,DAPAR,debrowser,eegc,enrichTF,esATAC,fcoex,GDCRNATools,林肯,MAGeCKFlute,methylGSA,miRspongeR,MoonlightR,recountWorkflow,RNASeqR,signatureSearch,TCGAbiolinksGUI,TCGAWorkflow
建议我	ChIPseeker,可乐,剂量,enrichplot,epihet,GOSemSim,org.Mxanthus.db,ReactomePA,scGPS,TCGAbiolinks
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 指示在R会话中使用这个包。

源包	clusterProfiler_3.14.3.tar.gz
Windows二进制	clusterProfiler_3.14.3.zip
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	clusterProfiler_3.14.3.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/clusterProfiler
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ clusterProfiler
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/clusterProfiler/
包下载报告	下载数据