可乐

doi：10.18129/b9.bioc.cola

此软件包适用于生物导体的3.10版；对于稳定的最新版本，请参阅可乐。

共识分区的框架

生物导体版本：3.10

亚组分类是基因组数据分析中的一项基本任务，尤其是用于基因表达和DNA甲基化数据分析。它也可以用来测试已知临床注释的协议，或测试是否存在显着批处理效应。Cola软件包通过共识分区提供了用于亚组分类的一般框架。它具有以下功能：1。它模块化了可以轻松集成各种方法的共识分区过程。2.它提供了丰富的可视化来解释结果。3.它允许同时运行多种方法，并提供功能以直接比较结果。4.它提供了一种新方法来提取更有效地分开子组的功能。5.它生成详细的报告进行完整的分析。

作者：Zuguang Gu

维护者：Zuguang gu

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 3.6”）并输入：

if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ cola”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“ Cola”）

html	R脚本	1.快速开端可乐套餐
html	R脚本	2.可乐：共识分区的框架
html	R脚本	3.签名基因的自动功能富集
PDF		参考手册
文本		消息
文本		执照

细节

生物浏览	分类，，，，聚类，，，，基因表达，，，，软件
版本	1.2.1
在生物导体中	Bioc 3.9（R-3.6）（1年）
执照	麻省理工学院 +文件执照
要看	R（> = 3.6.0）
进口	grdevices，图形，网格，统计，utils，复杂的图像（> = 2.0.0），矩阵，，，，getoptlong，，，，循环（> = 0.4.7），全球选择（> = 0.1.0），线索， 平行，rcolorbrewer，，，，簇，，，，滑雪者，，，，PNG，，，，mclust，，，，蜡笔， 方法，XML2，，，，微实验，，，，httr，，，，尼特，，，，降价，，，，消化，，，，算，，，，酿造，，，，RCPP（> = 0.11.0），生物基因，，，，欧拉
链接	RCPP
建议	GeneFilter，，，，mvtnorm，，，，测试（> = 0.3），data.tree，，，，Dendextend，，，，萨姆，，，，pamr，，，，Kohonen，，，，NMF，，，，WGCNA，，，，RTSNE，，，，UMAP，，，，clusterProfiler，，，，Reactomepa，，，，剂量，，，，AnnotationDbi，，，，GPLOTS，，，，Hu6800.db
系统要求
增强
URL	https://github.com/jokergoo/colahttps://jokergoo.github.io/cola_collection/
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	cola_1.2.1.tar.gz
Windows二进制	cola_1.2.1.zip（32-和64位）
Mac OS X 10.11（El Capitan）	cola_1.2.1.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/cola
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：包装/可乐
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/cola/
软件包下载报告	下载统计