compcodeR

DOI:10.18129 / B9.bioc.compcodeR

此包适用于Bioconductor的3.10版本;有关稳定的最新发布版本，请参见compcodeR．

RNAseq数据仿真、差分表达式分析及差分表达式方法性能比较

Bioconductor版本:3.10

这个包提供了广泛的功能，用于比较RNAseq数据的差异表达式分析的不同方法所获得的结果。它还包含用于模拟计数数据的函数和用于执行差异表达式分析的多个包的接口。

作者:Charlotte Soneson [aut, cre]

维护人员:Charlotte Soneson

安装

要安装这个包，启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("compcodeR")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“compcodeR”)

PDF	R脚本	compcodeR
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DifferentialExpression，ImmunoOncology，RNASeq，软件
版本	1.22.0
在Bioconductor公司	BioC 2.14 (R-3.1)(6年)
许可证	GPL (>= 2)
取决于	R (>= 3.0.2)，sm
进口	tcltk,knitr(> = 1.2),减价，ROCR，晶格(> = 0.16),gplots，gtools，gdata，caTools、网格KernSmooth，质量，ggplot2，stringr，模式，刨边机，limma，vioplot、方法
链接
建议	BiocStyle，EBSeq，DESeq，DESeq2(> = 1.1.31),baySeq(> = 2.2.0),genefilter，NOISeq，移行细胞癌，NBPSeq(> = 0.3.0)
SystemRequirements
增强了	rpanel，DSS
URL
全靠我
进口我
建议我
给我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	compcodeR_1.22.0.tar.gz
Windows二进制	compcodeR_1.22.0.zip(32- & 64位)
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	compcodeR_1.22.0.tgz
源库	git clone https://git.bioconductor.org/packages/compcodeR
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/compcodeR
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/compcodeR/
软件包下载报告	下载数据