DDCT

doi:10.18129/b9.bioc.ddct

此软件包适用于生物导体的3.10版;对于稳定的最新版本,请参阅DDCT

用于分析定量实时PCR(QRT-PCR)的DDCT算法

生物导体版本:3.10

Delta-Delta-CT(DDCT)算法是一种近似方法,用于确定具有定量实时PCR(QRT-PCR)实验的相对基因表达。与其他方法相比,它不需要每个引物目标对,因此不需要标准曲线,因此减少了工作载荷,但只要放大效率的假设,就可以返回足够的准确结果。DDCT软件包实现了一条管道来收集,分析和可视化QRT-PCR结果,例如Taqman SDM软件的管道,主要使用DDCT方法。可以通过命令行中的脚本或通过由S4类,方法和功能组成的API调用管道。

作者:Jitao David Zhang,Rudolf Biczok和Markus Ruschhaupt

维护者:Jitao David Zhang

引用(从r内,输入引用(“ DDCT”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“ 3.6”)并输入:

if(!sireseenamespace(“ biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ biocmanager”)biocmanager :: install(“ ddct”)

对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:

browsevignettes(“ ddct”)

PDF R脚本 使用DDCT软件包中的端到端脚本分析RT-PCR数据
PDF R脚本 如何应用DDCT方法
PDF R脚本 QRT-PCR数据分析的DDCT方法简介:背景,算法和示例
PDF 参考手册

细节

生物浏览 差异性,,,,基因表达,,,,MicrotReplateassay,,,,软件,,,,qpcr
版本 1.42.0
在生物导体中 Bioc 2.5(R-2.10)(10。5年)
执照 LGPL-3
要看 r(> = 2.3.0),方法
进口 生物酶(> = 1.10.0),rcolorbrewer(> = 0.1-3),Xtable,,,,格子,,,,生物基因
链接
建议 运行
系统要求
增强
URL
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包 ddct_1.42.0.tar.gz
Windows二进制 ddct_1.42.0.zip
Mac OS X 10.11(El Capitan) ddct_1.42.0.tgz
源存储库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ddct
源存储库(开发人员访问) git clone git@git.bioconductor.org:packages/ddct
包装短URL //www.andersvercelli.com/packages/ddct/
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