此软件包适用于生物导体的3.10版;对于稳定的最新版本,请参阅DDCT。
生物导体版本:3.10
Delta-Delta-CT(DDCT)算法是一种近似方法,用于确定具有定量实时PCR(QRT-PCR)实验的相对基因表达。与其他方法相比,它不需要每个引物目标对,因此不需要标准曲线,因此减少了工作载荷,但只要放大效率的假设,就可以返回足够的准确结果。DDCT软件包实现了一条管道来收集,分析和可视化QRT-PCR结果,例如Taqman SDM软件的管道,主要使用DDCT方法。可以通过命令行中的脚本或通过由S4类,方法和功能组成的API调用管道。
作者:Jitao David Zhang,Rudolf Biczok和Markus Ruschhaupt
维护者:Jitao David Zhang
引用(从r内,输入引用(“ DDCT”)
):
要安装此软件包,请启动R(版本“ 3.6”)并输入:
if(!sireseenamespace(“ biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ biocmanager”)biocmanager :: install(“ ddct”)
对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放。
要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:
browsevignettes(“ ddct”)
R脚本 | 使用DDCT软件包中的端到端脚本分析RT-PCR数据 | |
R脚本 | 如何应用DDCT方法 | |
R脚本 | QRT-PCR数据分析的DDCT方法简介:背景,算法和示例 | |
参考手册 |
生物浏览 | 差异性,,,,基因表达,,,,MicrotReplateassay,,,,软件,,,,qpcr |
版本 | 1.42.0 |
在生物导体中 | Bioc 2.5(R-2.10)(10。5年) |
执照 | LGPL-3 |
要看 | r(> = 2.3.0),方法 |
进口 | 生物酶(> = 1.10.0),rcolorbrewer(> = 0.1-3),Xtable,,,,格子,,,,生物基因 |
链接 | |
建议 | 运行 |
系统要求 | |
增强 | |
URL | |
取决于我 | |
进口我 | |
建议我 | |
链接到我 | |
构建报告 |
跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。
源包 | ddct_1.42.0.tar.gz |
Windows二进制 | ddct_1.42.0.zip |
Mac OS X 10.11(El Capitan) | ddct_1.42.0.tgz |
源存储库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ddct |
源存储库(开发人员访问) | git clone git@git.bioconductor.org:packages/ddct |
包装短URL | //www.andersvercelli.com/packages/ddct/ |
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