此软件包适用于生物导体的3.10版;对于稳定的最新版本,请参阅葡萄。
生物导体版本:3.10
Dexus在所有可能的研究设计中鉴定了RNA-Seq数据中差异表达的基因,例如无重复,没有样品组和未知条件的研究。Dexus也适用于已知条件,例如,对于具有两个或多个条件的RNA-Seq数据。RNA-seq读取计数数据可以由S4类计数数据集和读取计数矩阵提供。差异表达的转录本可以通过热图可视化,其中还指示未知条件,重复和样品组。该软件很快,因为核心算法是用C编写的。对于非常大的数据集,此软件包中提供了Dexus的并行版本。Dexus是一个由EM算法在贝叶斯框架中选择的统计模型。Dexus不需要重复来检测差异表达的转录本,因为复制(或条件)是由EM方法估算的,每种转录本。该方法提供了一个信息/非信息价值,可在所需的显着性水平或功率上提取差异表达的转录本。
作者:Guenter Klambauer
维护者:guenter klambauer
引用(从r内,输入引用(“ Dexus”)
):
要安装此软件包,请启动R(版本“ 3.6”)并输入:
if(!sireseenamespace(“ biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ biocmanager”)biocmanager :: install(“ dexus”)
对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放。
要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:
Browsevignettes(“ Dexus”)
R脚本 | Dexus:R包的手册 | |
参考手册 |
生物浏览 | 细胞生物学,,,,分类,,,,差异性,,,,基因表达,,,,免疫学,,,,QualityControl,,,,rnaseq,,,,测序,,,,软件 |
版本 | 1.26.0 |
在生物导体中 | Bioc 2.12(R-3.0)(7年) |
执照 | LGPL(> = 2.0) |
要看 | R(> = 2.15),方法,生物基因 |
进口 | 统计 |
链接 | |
建议 | 平行,Statmod,,,,deseq,,,,rcolorbrewer |
系统要求 | |
增强 | |
URL | |
取决于我 | |
进口我 | |
建议我 | |
链接到我 | |
构建报告 |
跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。
源包 | dexus_1.26.0.tar.gz |
Windows二进制 | dexus_1.26.0.zip |
Mac OS X 10.11(El Capitan) | dexus_1.26.0.tgz |
源存储库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/dexus |
源存储库(开发人员访问) | git clone git@git.bioconductor.org:packages/dexus |
包装短URL | //www.andersvercelli.com/packages/dexus/ |
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