葡萄

doi:10.18129/b9.bioc.dexus

此软件包适用于生物导体的3.10版;对于稳定的最新版本,请参阅葡萄

Dexus-鉴定有未知条件或无重复的RNA -Seq研究中的差异表达

生物导体版本:3.10

Dexus在所有可能的研究设计中鉴定了RNA-Seq数据中差异表达的基因,例如无重复,没有样品组和未知条件的研究。Dexus也适用于已知条件,例如,对于具有两个或多个条件的RNA-Seq数据。RNA-seq读取计数数据可以由S4类计数数据集和读取计数矩阵提供。差异表达的转录本可以通过热图可视化,其中还指示未知条件,重复和样品组。该软件很快,因为核心算法是用C编写的。对于非常大的数据集,此软件包中提供了Dexus的并行版本。Dexus是一个由EM算法在贝叶斯框架中选择的统计模型。Dexus不需要重复来检测差异表达的转录本,因为复制(或条件)是由EM方法估算的,每种转录本。该方法提供了一个信息/非信息价值,可在所需的显着性水平或功率上提取差异表达的转录本。

作者:Guenter Klambauer

维护者:guenter klambauer

引用(从r内,输入引用(“ Dexus”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“ 3.6”)并输入:

if(!sireseenamespace(“ biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ biocmanager”)biocmanager :: install(“ dexus”)

对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:

Browsevignettes(“ Dexus”)

PDF R脚本 Dexus:R包的手册
PDF 参考手册

细节

生物浏览 细胞生物学,,,,分类,,,,差异性,,,,基因表达,,,,免疫学,,,,QualityControl,,,,rnaseq,,,,测序,,,,软件
版本 1.26.0
在生物导体中 Bioc 2.12(R-3.0)(7年)
执照 LGPL(> = 2.0)
要看 R(> = 2.15),方法,生物基因
进口 统计
链接
建议 平行,Statmod,,,,deseq,,,,rcolorbrewer
系统要求
增强
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进口我
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构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包 dexus_1.26.0.tar.gz
Windows二进制 dexus_1.26.0.zip
Mac OS X 10.11(El Capitan) dexus_1.26.0.tgz
源存储库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/dexus
源存储库(开发人员访问) git clone git@git.bioconductor.org:packages/dexus
包装短URL //www.andersvercelli.com/packages/dexus/
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