刨边机

DOI:10.18129 / B9.bioc.edgeR

这个包是3.10版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅刨边机

数字在R基因表达数据的实证分析

Bioconductor版本:3.10

微分表达式RNA-seq表达谱分析生物复制。实现了一系列基于负二项分布统计方法,包括经验贝叶斯估计,准确的测试,广义线性模型和quasi-likelihood测试。以及RNA-seq,它适用于其他类型的微分信号分析基因组数据,生产计数,包括ChIP-seq、Bisulfite-seq、鼠尾草和笼子。

作者:陈Yunshun,亚伦TL Lun,戴维斯J麦卡锡,马修·E·里奇贝琳达Phipson,易纺,小贝周,马克·D·罗宾逊戈登·史密斯

维护人员:Yunshun陈wehi.edu.au > <尝试,亚伦Lun < infinite.monkeys.with。键盘在gmail.com >, <马克马克。罗宾逊。在imls.uzh罗宾逊。ch >,戈登史密斯<史密斯在wehi.edu.au >

从内部引用(R,回车引用(磨边机)):

安装

安装这个包,开始R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“刨边机”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放

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文本 新闻

细节

biocViews AlternativeSplicing,BatchEffect,贝叶斯,BiomedicalInformatics,CellBiology,ChIPSeq,聚类,报道,DNAMethylation,DifferentialExpression,DifferentialMethylation,DifferentialSplicing,表观遗传学,FunctionalGenomics,GeneExpression,GeneSetEnrichment,遗传学,ImmunoOncology,MultipleComparison,归一化,通路,质量控制,RNASeq,回归,圣人,测序,软件,SystemsBiology,TimeCourse,转录,转录组
版本 3.28.1
Bioconductor自 BioC 2.3 (r - 2.8)(11.5年)
许可证 GPL (> = 2)
取决于 R (> = 3.6.0),limma(> = 3.41.5)
进口 图形、统计、跑龙套、方法locfit,Rcpp
链接 Rcpp
建议 AnnotationDbi,jsonlite,org.Hs.eg.db,readr,rhdf5,样条函数
SystemRequirements c++ 11
增强了
URL http://bioinf.wehi.edu.au/edgeR
取决于我 ASpli,DBChIP,埃达,EGSEA123,感兴趣,外套,methylMnM,ReactomeGSA.data,RNAseq123,rnaseqDTU,RnaSeqGeneEdgeRQL,RNASeqR,RnaSeqSampleSizeData,RUVSeq,samExploreR,移行细胞癌,tRanslatome
进口我 affycoretools,anota2seq,ArrayExpressHTS,ATACseqQC,AWFisher,baySeq,BioQC,circRNAprofiler,clusterExperiment,CNVRanger,compcodeR,consensusDE,coseq,countsimQC,csaw,DaMiRseq,debrowser,DEComplexDisease,反编排,DEGreport,DEsubs,DiffBind,diffcyt,diffHic,diffloop,DMRcate,定量给料器,DRIMSeq,DropletUtils,easyRNASeq,EBSEA,埃达,eegc,EGSEA,EnrichmentBrowser,erccdashboard,ERSSA,GDCRNATools,Glimma,GSEABenchmarkeR,HTSFilter,icetea,infercnv,IsoformSwitchAnalyzeR,KnowSeq,Maaslin2,MEDIPS,metaseqR,MIGSA,MLSeq,msgbsR,msmsTests,multiHiCcompare,马斯喀特,NBSplice,PathoStat,适当的,psichomics,RCM,recountWorkflow,regsplice,Repitools,ReportingTools,rnaSeqMap,RnaSeqSampleSize,scde,司康饼,食物,SIMD,singscore,SingscoreAMLMutations,飞溅,STATegRa,SVAPLSseq,systemPipeR,TCGAbiolinks,TCseq,TimeSeriesExperiment,tradeSeq,tweeDEseq,vidger,,zinbwave
建议我 ABSSeq,bigPint,biobroom,BitSeq,CAGEWorkflow,chipseqDB,ClassifyR,clonotypeR,cqn,csawUsersGuide,cydar,dcanr,DEScan2,EDASeq,,gCrisprTools,GenomicAlignments,GenomicRanges,goseq,groHMM,GSAR,GSVA,理想的,JctSeqData,leeBamViews,missMethyl,multiMiR,regionReport,SSPA,经验丰富的人,subSeq,SummarizedBenchmark,ToPASeq,topconfects,tximeta,tximport,variancePartition,扳手,zFPKM
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构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 指示在R会话中使用这个包。

源包 edgeR_3.28.1.tar.gz
Windows二进制 edgeR_3.28.1.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦) edgeR_3.28.1.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/edgeR
源库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/磨边机
包短Url //www.andersvercelli.com/packages/edgeR/
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