量规

doi:10.18129/b9.bioc.gage

此软件包适用于生物导体的3.10版;对于稳定的最新版本,请参阅量规

通常适用于途径分析的基因 - 富集

生物导体版本:3.10

GAGE是一种已发表的基因集(富集或GSEA)或途径分析的方法。GAGE通常适用于微阵列或RNA-seq数据属性,包括样本量,实验设计,测定平台和其他类型的异质性,并始终如一地实现优于其他常用方法的卓越性能。在GAGE软件包中,我们提供了基本量规分析,结果处理和演示的功能。我们还在批处理,并行分析之间的比较以及对不同来源/研究的异质数据的联合分析中构建了多个量规分析的管道例程。此外,我们还基于KEGG途径和GO术语提供了演示微阵列数据和常用的基因集数据。这些功能和数据也可用于使用其他方法的基因集分析。

作者:Weijun Luo

维护者:weijun luo

引用(从r内,输入引用(“盖奇”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“ 3.6”)并输入:

if(!sireseenamespace(“ biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ biocmanager”)biocmanager :: install(“ gage”)

对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:

Browsevignettes(“ gage”)

PDF R脚本 基因集和数据准备
PDF R脚本 通常适用的基因组/途径分析
PDF R脚本 RNA-seq数据途径和基因组分析工作流程
PDF 参考手册
文本 消息

细节

生物浏览 差异性,,,,,,,,基因表达,,,,基因烯,,,,遗传学,,,,免疫学,,,,微阵列,,,,多重组合,,,,Onechannel,,,,途径,,,,rnaseq,,,,测序,,,,软件,,,,系统生物学,,,,两通道
版本 2.36.0
在生物导体中 Bioc 2.7(R-2.12)(9。5年)
执照 GPL(> = 2.0)
要看 R(> = 2.10)
进口 图形,,,,keggrest,,,,AnnotationDbi
链接
建议 PathView,,,,Gagedata,,,,go.db,,,,org.hs.eg.db,,,,HGU133A.DB,,,,gseabase,,,,rsamtools,,,,基因组签名,,,,txdb.hsapiens.ucsc.hg19,,,,deseq,,,,deseq2,,,,EDGER,,,,林玛
系统要求
增强
URL http://www.biomedcentral.com/1471-2105/10/161
取决于我 Egsea
进口我 阿纳米尔
建议我 fgnet,,,,Gagedata,,,,PathView,,,,sbgnview
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包 gage_2.36.0.tar.gz
Windows二进制 gage_2.36.0.zip
Mac OS X 10.11(El Capitan) gage_2.36.0.tgz
源存储库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/gage
源存储库(开发人员访问) git clone git@git.bioconductor.org:包装/量具
包装短URL //www.andersvercelli.com/packages/gage/
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