ggtree

DOI:10.18129 / B9.bioc.ggtree

此包适用于Bioconductor的3.10版本;有关稳定的最新发布版本，请参见ggtree．

一个用于树和注释数据可视化的R包

Bioconductor版本:3.10

'ggtree'扩展了'ggplot2'绘图系统，该系统实现了图形语法。'ggtree'用于系统发育树和其他树状结构及其注释数据的可视化和注释。

作者:余光创[aut, cre, cph]，林赞玉[aut, ths]， Justin Silverman [ctb]， Bradley Jones [ctb]， Watal M. Iwasaki [ctb]，黄瑞珠[ctb]

维护人员:Guangchuang Yu

安装

要安装这个包，启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“ggtree”)

超文本标记语言	R脚本	ggtree
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	对齐，注释，聚类，DataImport，MultipleSequenceAlignment，ReproducibleResearch，软件，可视化
版本	2.0.4
Bioconductor自	BioC 3.1 (R-3.2)(5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 3.4.0)
进口	猿，dplyr，ggplot2(> = 3.0.0)、网格magrittr、方法、purrr，rlang，rvcheck，tidyr，tidytree(> = 0.2.6虽然只是),treeio(> = 1.8.0),跑龙套
链接
建议	emojifont，ggimage，ggplotifygrDevices,knitr，prettydoc，rmarkdown，尺度统计数据,testthat，宠物猫
SystemRequirements
增强了
URL	https://yulab-smu.github.io/treedata-book/
BugReports	https://github.com/YuLab-SMU/ggtree/issues
取决于我
进口我	林肯，LymphoSeq，philr，singleCellTK，universalmotif
建议我	metagenomeFeatures，treeio，TreeSummarizedExperiment
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	ggtree_2.0.4.tar.gz
Windows二进制	ggtree_2.0.4.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	ggtree_2.0.4.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ggtree
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ ggtree
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/ggtree/
包下载报告	下载数据