此软件包适用于生物导体的3.10版;对于稳定的最新版本,请参阅校正。
生物导体版本:3.10
使用单细胞RNA-seq表达来可视化细胞中的CNV。
作者:蒂莫西(Timothy Tickle)[aut],itay tirosh [aut],Christophe Georgescu [aut,Cre],Maxwell Brown [aut],Brian Haas [aut]
维护者:broadinstitute.org>的Christophe Georgescu
引用(从r内,输入引用(“ undercnv”)
):
要安装此软件包,请启动R(版本“ 3.6”)并输入:
if(!sireseenamespace(“ biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ biocmanager”)biocmanager :: install(“ underccnv”)
对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放。
要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:
browsevignettes(“ undercnv”)
html | R脚本 | 可视化单细胞RNA-seq表达数据中的大规模拷贝数变化 |
参考手册 | ||
文本 | 消息 | |
文本 | 执照 |
生物浏览 | 贝叶斯,,,,库务,,,,遗传学,,,,基因组变量,,,,HiddenMarkovModel,,,,Singlecell,,,,软件,,,,统计信息,,,,结构变化,,,,转录组学,,,,变体挖出 |
版本 | 1.2.1 |
在生物导体中 | Bioc 3.9(R-3.6)(1年) |
执照 | bsd_3_clause +文件执照 |
要看 | R(> = 3.6) |
进口 | 图形,grdevices,rcolorbrewer,,,,GPLOTS,,,,徒劳,统计,utils,方法,猿,,,,矩阵,,,,快速积分,,,,dplyr,,,,Hiddlemarkov,,,,GGPLOT2,,,,EDGER,,,,硬币,,,,表情,,,,消化,,,,重塑,,,,rjags,,,,fitdistrplus,,,,未来,,,,foreach,,,,多帕尔,,,,生物基因,,,,总结性特征,,,,Singlecellexperiment,,,,花花公子, 平行,结尾,,,,栅格,,,,argparse |
链接 | |
建议 | 生物使用,,,,尼特,,,,rmarkDown,,,,测试 |
系统要求 | jags 4.x.y |
增强 | |
URL | https://github.com/broadinstitute/infercnv/wiki |
BugReports | https://github.com/broadinstitute/infercnv/issues |
取决于我 | |
进口我 | |
建议我 | |
链接到我 | |
构建报告 |
跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。
源包 | unwercnv_1.2.1.tar.gz |
Windows二进制 | unwercnv_1.2.1.zip |
Mac OS X 10.11(El Capitan) | unwercnv_1.2.1.tgz |
源存储库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/infercnv |
源存储库(开发人员访问) | git clone git@git.bioconductor.org:packages/suckcnv |
包装短URL | //www.andersvercelli.com/packages/infercnv/ |
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