校正

doi:10.18129/b9.bioc.infercnv

此软件包适用于生物导体的3.10版;对于稳定的最新版本,请参阅校正

从单细胞RNA-seq数据中推断拷贝数变化

生物导体版本:3.10

使用单细胞RNA-seq表达来可视化细胞中的CNV。

作者:蒂莫西(Timothy Tickle)[aut],itay tirosh [aut],Christophe Georgescu [aut,Cre],Maxwell Brown [aut],Brian Haas [aut]

维护者:broadinstitute.org>的Christophe Georgescu

引用(从r内,输入引用(“ undercnv”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“ 3.6”)并输入:

if(!sireseenamespace(“ biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ biocmanager”)biocmanager :: install(“ underccnv”)

对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:

browsevignettes(“ undercnv”)

html R脚本 可视化单细胞RNA-seq表达数据中的大规模拷贝数变化
PDF 参考手册
文本 消息
文本 执照

细节

生物浏览 贝叶斯,,,,库务,,,,遗传学,,,,基因组变量,,,,HiddenMarkovModel,,,,Singlecell,,,,软件,,,,统计信息,,,,结构变化,,,,转录组学,,,,变体挖出
版本 1.2.1
在生物导体中 Bioc 3.9(R-3.6)(1年)
执照 bsd_3_clause +文件执照
要看 R(> = 3.6)
进口 图形,grdevices,rcolorbrewer,,,,GPLOTS,,,,徒劳,统计,utils,方法,,,,,矩阵,,,,快速积分,,,,dplyr,,,,Hiddlemarkov,,,,GGPLOT2,,,,EDGER,,,,硬币,,,,表情,,,,消化,,,,重塑,,,,rjags,,,,fitdistrplus,,,,未来,,,,foreach,,,,多帕尔,,,,生物基因,,,,总结性特征,,,,Singlecellexperiment,,,,花花公子, 平行,结尾,,,,栅格,,,,argparse
链接
建议 生物使用,,,,尼特,,,,rmarkDown,,,,测试
系统要求 jags 4.x.y
增强
URL https://github.com/broadinstitute/infercnv/wiki
BugReports https://github.com/broadinstitute/infercnv/issues
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包 unwercnv_1.2.1.tar.gz
Windows二进制 unwercnv_1.2.1.zip
Mac OS X 10.11(El Capitan) unwercnv_1.2.1.tgz
源存储库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/infercnv
源存储库(开发人员访问) git clone git@git.bioconductor.org:packages/suckcnv
包装短URL //www.andersvercelli.com/packages/infercnv/
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