lipidr

DOI:10.18129 / B9.bioc.lipidr

此包适用于Bioconductor 3.10版本;有关稳定的最新发布版本，请参见lipidr．

脂质组学数据集的数据挖掘与分析

Bioconductor版本:3.10

lipidr是一个易于使用的R包，实现了有针对性和无针对性脂质组学数据下游分析的完整工作流程。脂质组学结果可以作为数值矩阵或Skyline导出导入到lipidr，允许集成到当前的分析框架中。通过与Metabolomics Workbench API集成，实现了脂质组学数据集的数据挖掘。Lipidr允许数据检查，规范化，单变量和多变量分析，显示信息可视化。lipidr还实现了一种新的脂类富集分析(LSEA)，利用分子信息，如脂类、链长和不饱和。

作者:Ahmed Mohamed [cre]，艾哈迈德·穆罕默德[aut]，杰弗里·莫伦迪克[aut]

维护者:Ahmed Mohamed < Mohamed at kuicr.kyoto-u.ac.jp>

安装

要安装这个包，启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("lipidr")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“lipidr”)

超文本标记语言	R脚本	lipidr_workflow
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	Lipidomics，MassSpectrometry，归一化，质量控制，软件，可视化
版本	2.0.0
在Bioconductor	BioC 3.9 (R-3.6)(1年)
许可证	MIT +文件许可证
取决于	R (>= 3.6.0)，SummarizedExperiment
进口	方法，统计，效用，data.table，S4Vectors，rlang，dplyr，tidyr，forcats，ggplot2，limma，fgsea，ropls，magrittr
链接
建议	knitr，rmarkdown，BiocStyle，ggrepel，情节，iheatmapr，拼写，testthat
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/ahmohamed/lipidr
BugReports	https://github.com/ahmohamed/lipidr/issues/
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	lipidr_2.0.0.tar.gz
Windows二进制	lipidr_2.0.0.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	lipidr_2.0.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/lipidr
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/lipidr
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/lipidr/
软件包下载报告	下载数据