mbkmeans

doi:10.18129/b9.bioc.mbkmeans

此软件包适用于生物导体的3.10版;对于稳定的最新版本,请参阅mbkmeans

小批量K-均值聚类用于单细胞RNA-Seq

生物导体版本:3.10

实现用于大型数据集的迷你批次K-均值算法,包括对磁盘数据表示的支持。

作者:Yuwei Ni [AUT,CPH],Davide Risso [AUT,CRE,CPH],Stephanie Hicks [AUT,CPH],Elizabeth Purdom [AUT,CPH]

维护者:davide risso

引用(从r内,输入引用(“ mbkmeans”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“ 3.6”)并输入:

if(!sireseenamespace(“ biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ biocmanager”)biocmanager :: install(“ mbkmeans”)

对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:

Browsevignettes(“ Mbkmeans”)

html R脚本 mbkmeans vignette
PDF 参考手册
文本 消息
文本 执照

细节

生物浏览 聚类,,,,基因表达,,,,rnaseq,,,,测序,,,,Singlecell,,,,软件,,,,转录组学
版本 1.2.0
在生物导体中 Bioc 3.9(R-3.6)(1年)
执照 麻省理工学院 +文件执照
要看 R(> = 3.6)
进口 方法,延迟,,,,RCPP,,,,Singlecellexperiment,,,,总结性特征,,,,clusterr,,,,基准,,,,矩阵
链接 RCPP,,,,rcpparmadillo(> = 0.7.2),Rhdf5lib,,,,beachmat,,,,clusterr
建议 beachmat,,,,HDF5Array,,,,Rhdf5lib,,,,生物使用,,,,tenxpbmcdata,,,,评分,,,,延迟的matrixstats,,,,尼特,,,,测试
系统要求 C ++ 11
增强
URL
BugReports https://github.com/drisso/mbkmeans/issues
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包 mbkmeans_1.2.0.tar.gz
Windows二进制 mbkmeans_1.2.0.zip
Mac OS X 10.11(El Capitan) mbkmeans_1.2.0.tgz
源存储库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/mbkmeans
源存储库(开发人员访问) git clone git@git.bioconductor.org:packages/mbkmeans
包装短URL //www.andersvercelli.com/packages/mbkmeans/
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