metagenomeFeatures

DOI:10.18129 / B9.bioc.metagenomeFeatures

此包适用于Bioconductor的3.10版本;有关稳定的最新发布版本，请参见metagenomeFeatures．

标记-基因序列分类学注释的探讨

Bioconductor版本:3.10

metagenomeFeatures开发用于探索标记-基因宏基因组序列数据集的分类学注释。该包可用于探索标记基因数据库的分类学组成或标记基因宏基因组实验的注释序列。

作者:Nathan D. Olson, Joseph Nathaniel Paulson, Hector Corrada Bravo

维护人员:Nathan D. Olson

安装

要安装这个包，启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("metagenomeFeatures")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“metagenomeFeatures”)

超文本标记语言	R脚本	' metagenomeFeatures '类和方法。
超文本标记语言	R脚本	探索一个感兴趣的分类群的序列和系统发育多样性。
超文本标记语言	R脚本	利用宏基因组特征检索特征数据。
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	注释，ImmunoOncology，基础设施，宏基因组，微生物组，测序，软件
版本	2.6.0
Bioconductor自	BioC 3.2 (R-3.2)(4.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 3.5),Biobase(> = 2.17.8)
进口	Biostrings(> = 2.36.4),S4Vectors(> = 0.23.18),dplyr(> = 0.7.0),dbplyr(> = 1.0.0),stringr(> = 1.0.0),lazyeval(> = 0.1.10),RSQLite(> = 1.0.0),magrittr(>= 1.5)， methods (>= 3.3.1)，晶格(> = 0.20.33),猿(> = 3.5),解读(> =测试盒框)
链接
建议	knitr(> = 1.11),testthat(> = 0.10.0),rmarkdown(> = 1.3),devtools(> = 1.13.5),ggtree(> = 1.8.2),BiocStyle(> = 2.8.2),phyloseq(> = 1.24.2),forcats(> = 0.3.0),ggplot2(> = 3.0.0)
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/HCBravoLab/metagenomeFeatures
BugReports	https://github.com/HCBravoLab/metagenomeFeatures/issues
取决于我
进口我	greengenes13.5MgDb，ribosomaldatabaseproject11.5MgDb，silva128.1MgDb
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	metagenomeFeatures_2.6.0.tar.gz
Windows二进制	metagenomeFeatures_2.6.0.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	metagenomeFeatures_2.6.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/metagenomeFeatures
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ metagenomeFeatures
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/metagenomeFeatures/
包下载报告	下载数据