metavizr

DOI:10.18129 / B9.bioc.metavizr

此包适用于Bioconductor的3.10版本;有关稳定的最新发布版本，请参见metavizr．

用于交互宏基因组数据分析和可视化的metaviz web应用程序的R接口

Bioconductor版本:3.10

这个包向metaviz web应用程序(http://metaviz.cbcb.umd.edu)提供Websocket通信，以实现宏基因组数据的交互式可视化。R/bioc交互会话中的对象可以在图中显示，数据可以使用facetzoom可视化来探索。支持基本的Bioconductor数据结构(例如，mreexperiment对象)，同时提供了支持其他数据结构的简单机制。可视化(使用d3.js)也可以很容易地添加到web应用中。

作者:Hector Corrada Bravo [cre, aut]， Florin Chelaru [aut]， Justin Wagner [aut]， Jayaram Kancherla [aut]， Joseph Paulson [aut]

维护人员:Hector Corrada Bravo

安装

要安装这个包，启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("metavizr")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“metavizr”)

超文本标记语言	R脚本	metavizr简介
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	GUI，ImmunoOncology，基础设施，宏基因组，软件，可视化
版本	1.10.0
在Bioconductor公司	BioC 3.5 (R-3.4)(3年)
许可证	MIT +文件许可证
取决于	R (>= 3.4)，metagenomeSeq(>= 1.17.1)，方法data.table，Biobase，消化
进口	epivizr，epivizrData，epivizrServer，epivizrStandalone，素食主义者，GenomeInfoDb，phyloseq，httr
链接
建议	knitr，BiocStyle，matrixStats，msd16s(> = 0.109.1),etec16s，testthat，gss，curatedMetagenomicData
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
给我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	metavizr_1.10.0.tar.gz
Windows二进制	metavizr_1.10.0.zip(32- & 64位)
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	metavizr_1.10.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/metavizr
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/metavizr
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/metavizr/
软件包下载报告	下载数据