methrix

DOI:10.18129 / B9.bioc.methrix

此包适用于Bioconductor的3.10版本;有关稳定的最新发布版本，请参见methrix．

从Bisufite测序中快速高效地总结通用床图文件

Bioconductor版本:3.10

亚硫酸氢盐管道生成的床图文件通常有各种不同的风格。关键的下游步骤需要将这些文件汇总为甲基化/覆盖率矩阵。数据聚合的这一步由Methrix完成，包括许多其他有用的下游函数。

作者:Anand Mayakonda [aut, cre]， Reka Toth [aut]， Maximilian Schönung [ctb]， Pavlo Lutsik [ctb]， Joschka Hey [ctb]

维护人员:Anand Mayakonda

安装

要安装这个包，启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“methrix”)

超文本标记语言	R脚本	Methrix教程
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	报道，DNAMethylation，测序，软件
版本	1.0.05
在Bioconductor公司	BioC 3.10 (R-3.6)(< 6个月)
许可证	MIT +文件许可证
取决于	R (>= 3.6)，data.table(> = 1.12.4),SummarizedExperiment
进口	DelayedArray，HDF5Array，BSgenome，rjson，DelayedMatrixStats并行，方法，ggplot2，matrixStats，图形，统计，效用
链接
建议	knitr，rmarkdown，DSS，bsseq，情节，BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm9，MafDb.1Kgenomes.phase3.GRCh38，MafDb.1Kgenomes.phase3.hs37d5，GenomicScores，Biostrings，RColorBrewer，GenomicRanges，GenomeInfoDb，IRanges，testthat(> = 2.1.0的)
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
给我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	methrix_1.0.05.tar.gz
Windows二进制	methrix_1.0.05.zip(32- & 64位)
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	methrix_1.0.05.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/methrix
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/methrix
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/methrix/
软件包下载报告	下载数据