methylPipe

DOI:10.18129 / B9.bioc.methylPipe

此包适用于Bioconductor的3.10版本;有关稳定的最新发布版本，请参见methylPipe．

基分辨率DNA甲基化数据分析

Bioconductor版本:3.10

在CpG和非CpG序列背景下DNA甲基化数据的记忆高效分析。整合DNA甲基化数据从任何方法提供基础或低分辨率数据。

作者:Kamal Kishore

维护者:Kamal Kishore < Kamal。Fartiyal84在gmail.com>

安装

要安装这个包，启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("methylPipe")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“methylPipe”)

PDF	R脚本	methylPipe.pdf
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	报道，DNAMethylation，MethylSeq，测序，软件
版本	1.20.0
在Bioconductor公司	BioC 3.0 (R-3.1)(5.5年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	R(>= 3.2.0)，方法，grDevices，图形，统计，utils，GenomicRanges，SummarizedExperiment(> = 0.2.0),Rsamtools
进口	marray，gplots，IRanges，BiocGenerics，Gviz，GenomicAlignments，Biostrings平行,data.table，GenomeInfoDb，S4Vectors
链接
建议	BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg18，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg18.knownGene，knitr，MethylSeekR
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我	ListerEtAlBSseq
进口我	compEpiTools
建议我
给我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	methylPipe_1.20.0.tar.gz
Windows二进制	methylPipe_1.20.0.zip(32- & 64位)
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	methylPipe_1.20.0.tgz
源库	git clone https://git.bioconductor.org/packages/methylPipe
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/methylPipe
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/methylPipe/
软件包下载报告	下载数据