MZR

doi:10.18129/b9.bioc.mzr

此软件包适用于生物导体的3.10版;对于稳定的最新版本,请参阅MZR

NETCDF,MZXML,MZDATA和MZML和MZIDENTML文件(质谱数据)的解析器

生物导体版本:3.10

MZR为可用于质谱数据的通用文件格式和解析器提供了统一的API。它带有用于质谱MZXML,MZDATA和MZML文件的ISB随机访问解析器的包装器。该软件包包含ISB编写的原始代码,以及MZML和MZIDENTML的ProteOwizard库的子集。NETCDF阅读代码以前已在XCMS中使用。

作者:Bernd Fischer,Steffen Neumann,Laurent Gatto,Qiang Kou,Johannes Rainer

维护者:Steffen Neumann ,laurent gatto ,qiang kou

引用(从r内,输入引用(“ MZR”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“ 3.6”)并输入:

if(!sireseenamespace(“ biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ biocmanager”)biocmanager :: install(“ mzr”)

对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:

Browsevignettes(“ MZR”)

html R脚本 访问原始质谱和识别数据
PDF 参考手册
文本 消息

细节

生物浏览 DataImport,,,,免疫学,,,,基础设施,,,,质谱,,,,代谢组学,,,,蛋白质组学,,,,软件
版本 2.20.0
在生物导体中 Bioc 2.9(R-2.14)(8。5年)
执照 艺术2.0
要看 RCPP(> = 0.10.1),方法,utils
进口 生物酶,,,,生物基因(> = 0.13.6),蛋白质(> = 1.17.3),NCDF4
链接 RCPP,,,,Zlibbioc,,,,Rhdf5lib(> = 1.1.4)
建议 MSDATA(> = 0.15.1),运行,,,,mzid,,,,生物使用(> = 2.5.19),尼特,,,,XML
系统要求 C ++ 11,GNU制作
增强
URL https://github.com/sneumann/mzr/
BugReports https://github.com/sneumann/mzr/issues/
取决于我 MSGFGUI,,,,MSNBase,,,,蛋白质组学
进口我 加合体,,,,自动调节器,,,,clumsid,,,,MSNID,,,,M型,,,,PBase,,,,峰板,,,,蛋白质组学杂志,,,,rmassbank,,,,模拟,,,,TopDownr,,,,XCMS,,,,山药
建议我 AnnotationHub,,,,MSDATA,,,,QCMetrics,,,,rforpoteomics
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包 mzr_2.20.0.tar.gz
Windows二进制 mzr_2.20.0.zip
Mac OS X 10.11(El Capitan) mzr_2.20.0.tgz
源存储库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/mzr
源存储库(开发人员访问) git clone git@git.bioconductor.org:packages/mzr
包装短URL //www.andersvercelli.com/packages/mzr/
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