此软件包适用于生物导体的3.10版;对于稳定的最新版本,请参阅MZR。
生物导体版本:3.10
MZR为可用于质谱数据的通用文件格式和解析器提供了统一的API。它带有用于质谱MZXML,MZDATA和MZML文件的ISB随机访问解析器的包装器。该软件包包含ISB编写的原始代码,以及MZML和MZIDENTML的ProteOwizard库的子集。NETCDF阅读代码以前已在XCMS中使用。
作者:Bernd Fischer,Steffen Neumann,Laurent Gatto,Qiang Kou,Johannes Rainer
维护者:Steffen Neumann
引用(从r内,输入引用(“ MZR”)
):
要安装此软件包,请启动R(版本“ 3.6”)并输入:
if(!sireseenamespace(“ biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ biocmanager”)biocmanager :: install(“ mzr”)
对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放。
要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:
Browsevignettes(“ MZR”)
html | R脚本 | 访问原始质谱和识别数据 |
参考手册 | ||
文本 | 消息 |
生物浏览 | DataImport,,,,免疫学,,,,基础设施,,,,质谱,,,,代谢组学,,,,蛋白质组学,,,,软件 |
版本 | 2.20.0 |
在生物导体中 | Bioc 2.9(R-2.14)(8。5年) |
执照 | 艺术2.0 |
要看 | RCPP(> = 0.10.1),方法,utils |
进口 | 生物酶,,,,生物基因(> = 0.13.6),蛋白质(> = 1.17.3),NCDF4 |
链接 | RCPP,,,,Zlibbioc,,,,Rhdf5lib(> = 1.1.4) |
建议 | MSDATA(> = 0.15.1),运行,,,,mzid,,,,生物使用(> = 2.5.19),尼特,,,,XML |
系统要求 | C ++ 11,GNU制作 |
增强 | |
URL | https://github.com/sneumann/mzr/ |
BugReports | https://github.com/sneumann/mzr/issues/ |
取决于我 | MSGFGUI,,,,MSNBase,,,,蛋白质组学 |
进口我 | 加合体,,,,自动调节器,,,,clumsid,,,,MSNID,,,,M型,,,,PBase,,,,峰板,,,,蛋白质组学杂志,,,,rmassbank,,,,模拟,,,,TopDownr,,,,XCMS,,,,山药 |
建议我 | AnnotationHub,,,,MSDATA,,,,QCMetrics,,,,rforpoteomics |
链接到我 | |
构建报告 |
跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。
源包 | mzr_2.20.0.tar.gz |
Windows二进制 | mzr_2.20.0.zip |
Mac OS X 10.11(El Capitan) | mzr_2.20.0.tgz |
源存储库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/mzr |
源存储库(开发人员访问) | git clone git@git.bioconductor.org:packages/mzr |
包装短URL | //www.andersvercelli.com/packages/mzr/ |
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