NGSReports

doi:10.18129/b9.bioc.ngsreports

此软件包适用于生物导体的3.10版;对于稳定的最新版本,请参阅NGSReports

加载FASTQQC报告和其他NGS相关文件

生物导体版本:3.10

该软件包提供了从其他NGS工具中解析FASTQC报告和输出摘要的方法和对象类,并可视化从这些文件中加载的数据。

作者:史蒂夫·佩德森[AUT,CRE],克里斯托弗·沃德[aut],thu-hien [aut]

维护者:史蒂夫·佩德森(Steve Pederson)

引用(从r内,输入引用(“ ngsreports”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“ 3.6”)并输入:

if(!sireseenamespace(“ biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ biocmanager”)biocmanager :: install(“ ngsreports”)

对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:

Browsevignettes(“ NGSReports”)

html R脚本 NGSReports的简介
PDF 参考手册
文本 消息
文本 执照

细节

生物浏览 QualityControl,,,,报告写作,,,,软件
版本 1.2.0
在生物导体中 Bioc 3.9(R-3.6)(1年)
执照 文件执照
要看 r(> = 3.6.0),生物基因,,,,GGPLOT2,,,,蒂布尔(> = 1.3.1)
进口 生物弦,,,,检查员,,,,dplyr(> = 0.8.0),Factominer,,,,ggdendro,grdevices,网格,KableExtra,,,,橄榄酸, 方法,潘德, 平行,情节,,,,readr,,,,RESHAPE2,,,,rmarkDown,,,,rsamtools,,,,,,,,Shortread,统计Stringr,,,,花花公子,,,,tidyselect(> = 0.2.3),truncnorm,utils,Viridislite,,,,xvector,,,,动物园
链接
建议 生物使用,,,,开罗,,,,尼特,,,,测试
系统要求
增强
URL https://github.com/uofabioinformaticshub/ngsreports
BugReports https://github.com/uofabioinformaticshub/ngsreports/issues
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包 ngsreports_1.2.0.tar.gz
Windows二进制 ngsreports_1.2.0.zip
Mac OS X 10.11(El Capitan) NGSReports_1.2.0.tgz
源存储库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ngsreports
源存储库(开发人员访问) git clone git@git.bioconductor.org:packages/ngsreports
包装短URL //www.andersvercelli.com/packages/ngsreports/
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