Paxtoolsr

doi：10.18129/b9.bioc.paxtoolsr

此软件包适用于生物导体的3.10版；对于稳定的最新版本，请参阅Paxtoolsr。

PAXTOOLSR：从多个数据库到Biopax和Pathway Commons的访问路径

生物导体版本：3.10

该软件包提供了一组R函数，用于使用PAXTools与Biopax OWL文件进行交互，并查询路径CONSON（PC）分子交互数据库，该数据库由Memorial Sloan-Kettering Cancer Center（MSKCC）的计算生物学中心托管。途径Commons数据库包括：结合，Biogrid，Corum，CTD，DIP，药物库，HPRD，Humancyc，完整，kegg，Mirtarbase，Panther，Panther，Phosphospedplus，Reactome，Reactome，Recon，Recon，TransFac。

作者：奥古斯丁·卢娜（Augustin Luna）

维护者：Augustin Luna

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 3.6”）并输入：

if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ paxtoolsr”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

browsevignettes（“ paxtoolsr”）

html	R脚本	使用paxtoolsr
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	基因烯，，，，GraphandNetwork，，，，kegg，，，，网络，，，，NetworkEnrichment，，，，途径，，，，Reactome，，，，软件，，，，系统生物学
版本	1.20.0
在生物导体中	Bioc 3.0（R-3.1）（5。5年）
执照	LGPL-3
要看	r（> = 3.2），rjava（> = 0.9-8），XML
进口	utils，httr，，，，Igraph，，，，plyr，，，，rjson，，，，r.utils，，，，jsonlite，，，，readr
链接
建议	测试，，，，尼特，，，，生物使用，，，，rmarkDown，，，，rcolorbrewer，，，，Biomart，，，，雌激素，，，，副词，，，，HGU95AV2，，，，HGU95AV2CDF，，，，林玛，，，，foreach，，，，Dosnow， 平行，org.hs.eg.db
系统要求	Java（> = 1.6）
增强
URL	https://github.com/biopax/paxtoolsr
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	paxtoolsr_1.20.0.tar.gz
Windows二进制	paxtoolsr_1.20.0.zip
Mac OS X 10.11（El Capitan）	paxtoolsr_1.20.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/paxtoolsr
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/paxtoolsr
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/paxtoolsr/
软件包下载报告	下载统计