philr

DOI:10.18129 / B9.bioc.philr

此包适用于Bioconductor的3.10版本;有关稳定的最新发布版本，请参见philr．

基于系统发育划分的宏基因组数据ILR转换

Bioconductor版本:3.10

PhILR是系统发育等距对数比变换的缩写。这个包提供了分析组成数据的函数(例如，表示不同变量/部件比例的数据)。具体来说，该软件包允许对组成数据进行分析，其中各部分可以通过系统发育树进行关联(这在微生物区系调查数据中很常见)，并提供从系统发育树构建的等长对数比转换，并使用加权参考度量。

作者:贾斯汀·西尔弗曼

维护人员:Justin Silverman

安装

要安装这个包，启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“philr”)

超文本标记语言	R脚本	介绍PhILR
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	ImmunoOncology，宏基因组，微生物组，测序，软件
版本	1.12.0
Bioconductor自	BioC 3.4 (R-3.3)(3.5年)
许可证	GPL-3
取决于
进口	猿，phangorn，tidyr，ggplot2，ggtree
链接
建议	testthat，knitr，rmarkdown，BiocStyle，phyloseq，glmnet，dplyr
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/jsilve24/philr
BugReports	https://github.com/jsilve24/philr/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	philr_1.12.0.tar.gz
Windows二进制	philr_1.12.0.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	philr_1.12.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/philr
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ philr
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/philr/
包下载报告	下载数据