地区报告

doi：10.18129/b9.bioc.RegionReport

此软件包适用于生物导体的3.10版；对于稳定的最新版本，请参阅地区报告。

生成一组基因组区域或DESEQ2/EDGER结果的HTML或PDF报告

生物导体版本：3.10

生成HTML或PDF报告，以探索一组区域，例如在Derfinder执行的基本对分辨率下对RNA-Seq数据的注释 - 敏捷表达分析的结果。您还可以为DESEQ2或EDGER结果创建报告。

作者：Leonardo Collado-Torres [AUT，CRE]，Andrew E. Jaffe [aut]，Jeffrey T. Leek [Aut，THS]

维护者：leonardo collado-torres

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 3.6”）并输入：

if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ reamizereport”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“ RegineReport”）

html	R脚本	基本基因组区域探索
html	R脚本	使用Bumphunter结果的示例报告
html	R脚本	区域报告简介
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	覆盖范围，，，，差异性，，，，差甲基化，，，，差异词，，，，免疫学，，，，rnaseq，，，，报告写作，，，，测序，，，，软件，，，，转录，，，，可视化
版本	1.20.0
在生物导体中	Bioc 3.0（R-3.1）（5。5年）
执照	艺术2.0
要看	R（> = 3.2）
进口	生物使用（> = 2.5.19），德芬德（> = 1.1.0），变形，，，，deseq2，，，，GenomeInfodB，，，，基因组机，，，，编织（> = 1.0.1），尼特（> = 1.6），Knitrbootstrap（> = 0.9.0），方法，Refmanager，，，，rmarkDown（> = 0.9.5），S4VECTORS，，，，总结性特征
链接
建议	生物管理器，，，，Biovizbase，，，，Bumphunter（> = 1.7.6），derfinderplot（> = 1.3.2），SessionInfo，，，，DT，，，，deseq，，，，EDGER，，，，GGBIO（> = 1.13.13），GGPLOT2， 网格，栅格，，，，iranges，，，，MGCV，，，，帕西拉，，，，pheatmap，，，，rcolorbrewer，，，，txdb.hsapiens.ucsc.hg19，，，，晶须
系统要求
增强
URL	https://github.com/leekgroup/regionreport
BugReports	https://support.bioconductor.org/t/regionreport/
取决于我
进口我	recountworkflow
建议我	叙事
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	regionreport_1.20.0.tar.gz
Windows二进制	regionreport_1.20.1.zip
Mac OS X 10.11（El Capitan）	RegionReport_1.20.1.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/regionreport
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：套餐/区域报告
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/regionreport/
软件包下载报告	下载统计