scTensor

DOI:10.18129 / B9.bioc.scTensor

此包适用于Bioconductor的3.10版本;有关稳定的最新发布版本，请参见scTensor．

利用张量分解检测单细胞RNA-seq数据集的细胞-细胞相互作用

Bioconductor版本:3.10

该算法基于nnTensor的非负塔克分解(NTD2)。

作者:Tsuyuzaki Koki [aut, cre]， Nishida Kozo [aut]

维护者:Koki Tsuyuzaki

安装

要安装这个包，启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“scTensor”)

超文本标记语言	R脚本	scTensor
超文本标记语言	R脚本	scTensor: 1。数据格式和ID转换
超文本标记语言	R脚本	scTensor: 2。HTML报告的解读
超文本标记语言	R脚本	scTensor: 3。CCI的仿真
超文本标记语言	R脚本	scTensor: 4。scTensor结果的再分析
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DimensionReduction，GeneExpression，SingleCell，软件
版本	1.2.1 "
在Bioconductor公司	BioC 3.9 (R-3.6)(1年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (>= 3.5.0)
进口	方法,RSQLite，igraph，S4Vectors，情节，reactome.db，AnnotationDbi，SummarizedExperiment，SingleCellExperiment，nnTensor，rTensor，abind，plotrix，的热图，tagcloud，rmarkdown，BiocStyle，knitr，AnnotationHub，MeSHDbi， grDevices，图形，统计，效用，离群值，类别，meshr，GOstats，ReactomePA，剂量，蜡笔，使彻底失败，BiocManager，visNetwork
链接
建议	testthat，LRBase.Hsa.eg.db，MeSH.Hsa.eg.db，LRBase.Mmu.eg.db，MeSH.Mmu.eg.db，LRBaseDbi，修拉，Homo.sapiens
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
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构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	scTensor_1.2.1.tar.gz
Windows二进制	scTensor_1.2.1.zip(32- & 64位)
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	scTensor_1.2.1.tgz
源库	git clone https://git.bioconductor.org/packages/scTensor
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/scTensor
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/scTensor/
软件包下载报告	下载数据