嘘

DOI:10.18129 / B9.bioc.scater

此包适用于Bioconductor的3.10版本;有关稳定的最新发布版本，请参见嘘．

基因表达数据单细胞分析工具

Bioconductor版本:3.10

一组工具，用于对单细胞RNA-seq基因表达数据进行各种分析，重点是质量控制和可视化。

作者:Davis McCarthy [aut, cre]， Kieran Campbell [aut]， Aaron Lun [aut, ctb]， Quin Wills [aut]， Vladimir Kiselev [ctb]

维护者:Davis McCarthy < Davis at ebi.ac.uk>

安装

要安装这个包，启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("scater")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“嘘”)

超文本标记语言	R脚本	散射器功能概述
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	报道，DataImport，DataRepresentation，DimensionReduction，GeneExpression，ImmunoOncology，基础设施，归一化，预处理，质量控制，RNASeq，测序，SingleCell，软件，转录组，可视化
版本	1.14.6
在Bioconductor公司	BioC 3.3 (R-3.3)(四年)
许可证	GPL-3
取决于	SingleCellExperiment，ggplot2
进口	BiocGenerics，SummarizedExperiment，矩阵，ggbeeswarm、网格DelayedArray，DelayedMatrixStats、方法、S4Vectors， stats, utils，冬青，Rcpp，BiocNeighbors，BiocSingular，BiocParallel
链接	Rcpp，beachmat
建议	BiocStyle，BiocFileCache，biomaRt，beachmat，cowplot，命运，knitr，scRNAseq，robustbase，rmarkdown，Rtsne，uwot，testthat，pheatmap，Biobase，limma，DropletUtils
SystemRequirements	c++ 11
增强了
URL	//www.andersvercelli.com/packages/scater/
BugReports	https://support.bioconductor.org/
全靠我	马斯喀特，netSmooth
进口我	后面;，催化剂，CellMixS，scDblFinder，食物，猎犬，飞溅
建议我	CellTrails，DuoClustering2018，fcoex，HCAData，iSEE，M3Drop，桅杆，mbkmeans，单片眼镜，SC3，scds，schex，scMerge，simpleSingleCell，单，激流回旋，SummarizedBenchmark，TabulaMurisData，waddR
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构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	scater_1.14.6.tar.gz
Windows二进制	scater_1.14.0.zip(32- & 64位)
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	scater_1.14.6.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/scater
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/scater
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/scater/
软件包下载报告	下载数据