Systempiper

doi:10.18129/b9.bioc.systempiper

此软件包适用于生物导体的3.10版;对于稳定的最新版本,请参阅Systempiper

Systempiper:NGS工作流程和报告生成环境

生物导体版本:3.10

R包用于构建和运行自动端到端分析工作流程,用于广泛的下一代序列(NGS)应用程序,例如RNA-SEQ,CHIP-SEQ,VAR-SEQ和RIBO-SEQ。重要功能包括跨不同NGS应用程序的统一工作流界面,自动报表生成以及对运行R和命令行软件的支持,例如NGS Aligners或Peak/variant Callers,在本地计算机或计算群集上。一致实现的样本注释基础架构促进了对复杂样品集和实验设计的有效处理。使用Systempiper的说明在概述小插图(HTML)中给出。下面链接的其余小插曲是常见NGS用例的工作流模板。

作者:托马斯·吉尔克(Thomas Girke)

维护者:thomas girke

引用(从r内,输入引用(“ Systempiper”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“ 3.6”)并输入:

if(!sireseenamespace(“ biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ biocmanager”)biocmanager :: install(“ systempiper”)

对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:

Browsevignettes(“ Systempiper”)

html R脚本 Systempiper:NGS工作流程和报告生成环境
html R脚本 Systempiper:工作流程集合
PDF 参考手册
文本 读书我
文本 消息

细节

生物浏览 结盟,,,,chipseq,,,,覆盖范围,,,,DataImport,,,,基因表达,,,,基因烯,,,,遗传学,,,,免疫学,,,,基础设施,,,,甲基,,,,QualityControl,,,,rnaseq,,,,核糖,,,,SNP,,,,测序,,,,软件
版本 1.20.0
在生物导体中 Bioc 3.0(R-3.1)(5。5年)
执照 艺术2.0
要看 rsamtools(> = 1.31.2),生物弦,,,,Shortread(> = 1.37.1),方法
进口 生物基因,,,,基因组机,,,,GenomicFeatures(> = 1.31.3),总结性特征,,,,变体(> = 1.25.11),rjson,,,,GGPLOT2, 网格,林玛,,,,EDGER,,,,deseq2,,,,gostats,,,,go.db,,,,注释,,,,pheatmap,,,,批处理,,,,Yaml
链接
建议 ,,,,运行,,,,生物使用,,,,尼特,,,,rmarkDown,,,,Biomart,,,,生物比较,,,,生物管理器
系统要求 SystemPiper可用于运行外部命令行软件(例如,简短读取对准器),但是需要在系统上安装相应的工具。
增强
URL http://girke.bioinformatics.ucr.edu/systempiper/
取决于我
进口我 差异,,,,rnaseqr
建议我 SystemPiperData
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包 SystemPiper_1.20.0.tar.gz
Windows二进制 SystemPiper_1.20.0.zip
Mac OS X 10.11(El Capitan) SystemPiper_1.20.0.tgz
源存储库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/systempiper
源存储库(开发人员访问) git clone git@git.bioconductor.org:packages/systempiper
包装短URL //www.andersvercelli.com/packages/systempiper/
软件包下载报告 下载统计

文档»

生物导体

r/克兰软件包和文档

支持»

请阅读发布指南。向以下位置之一发布有关生物导体的问题:

  • 支持网站- 有关生物处理套件的问题
  • Bioc-devel邮件列表 - 包装开发人员2021欧洲杯体育投注开户