topconfects

DOI:10.18129 / B9.bioc.topconfects

此包适用于Bioconductor的3.10版本;有关稳定的最新发布版本，请参见topconfects．

最自信的效应大小

Bioconductor版本:3.10

根据可信的效应大小对结果进行排名，同时保持错误发现率和错误覆盖率声明率控制。Topconfects是一种改进了可用性的TREAT结果的替代表示，它消除了p值，取而代之的是提供置信度界限。它的主要应用是差异基因表达分析，提供基因按自信的log2倍变化顺序排列，但它可以应用于任何具有相关标准误差的效应大小集合。

作者:保罗哈里森[aut, cre]

维护者:保罗哈里森<保罗。哈里森在monash.edu >

安装

要安装这个包，启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("topconfects")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“topconfects”)

超文本标记语言	R脚本	topconfects的概述
超文本标记语言	R脚本	自信的褶皱变化
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	DifferentialExpression，GeneExpression，MultipleComparison，RNASeq，回归，软件，转录组，mRNAMicroarray
版本	1.2.0
Bioconductor自	BioC 3.9 (R-3.6)(1年)
许可证	lgpl - 2.1 |文件许可证
取决于	R (> = 3.6.0)
进口	方法,跑龙套,统计数据,为了，ggplot2
链接
建议	limma，刨边机，DESeq2，NBPSeq，dplyr，testthat，knitr，rmarkdown，reshape2，tidyr，readr，org.At.tair.db，AnnotationDbi
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/pfh/topconfects
BugReports	https://github.com/pfh/topconfects/issues
取决于我
进口我	MetaVolcanoR
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	topconfects_1.2.0.tar.gz
Windows二进制	topconfects_1.2.0.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	topconfects_1.2.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/topconfects
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ topconfects
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/topconfects/
包下载报告	下载数据