tximeta

DOI:10.18129 / B9.bioc.tximeta

此包适用于Bioconductor 3.10版本;有关稳定的最新发布版本,请参见tximeta

自动元数据的文本量化导入

Bioconductor版本:3.10

从Salmon导入文本量化,自动填充元数据和文本范围。过滤的、组合的或新生的转录组可以通过linkedtxome链接到适当的来源,并共享用于可重复分析。

作者:Michael Love [aut, cre], Rob Patro [aut, ctb], Peter Hickey [aut, ctb], Charlotte Soneson [aut, ctb]

维护者:Michael Love

引文(从R内,输入引用(“tximeta”)):

安装

要安装这个包,启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("tximeta")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“tximeta”)

超文本标记语言 R脚本 带有自动元数据的文本量化导入
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews 注释DataImportGeneExpressionImmunoOncology预处理RNASeq软件转录转录组
版本 1.4.5
在Bioconductor BioC 3.8 (R-3.5)(1.5年)
许可证 GPL-2
取决于
进口 SummarizedExperimenttximportjsonliteS4VectorsGenomicRangesAnnotationDbiGenomicFeaturesensembldbBiostringsBiocFileCache宠物猫GenomeInfoDbrappdirs, utils,方法
链接
建议 knitrrmarkdowntestthattximportDataorg.Dm.eg.dbDESeq2刨边机limmadevtools
SystemRequirements
增强了
URL https://github.com/mikelove/tximeta
全靠我 rnaseqGene
进口我
建议我 DESeq2鱼池
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包 tximeta_1.4.5.tar.gz
Windows二进制 tximeta_1.4.5.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.11 (El Capitan) tximeta_1.4.5.tgz
源库 Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/tximeta
源存储库(开发人员访问) Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/tximeta
包短Url //www.andersvercelli.com/packages/tximeta/
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