vsn

DOI:10.18129 / B9.bioc.vsn

此包适用于Bioconductor的3.10版本;有关稳定的最新发布版本,请参见vsn

微阵列数据的方差稳定与校正

Bioconductor版本:3.10

该包实现了一种归一化微阵列强度的方法,适用于单色和多色阵列。它也可以用于来自其他技术的数据,只要它们具有类似的格式。该方法使用极大似然估计的鲁棒变体进行加乘误差模型和仿射校准。该模型包含数据校准步骤(即归一化)、方差对平均强度的依赖性模型和方差稳定数据转换。转换强度之间的差异类似于“归一化对数比”。然而,与后者相比,它们的方差与均值无关,在检测差异转录时通常更敏感和特异性更高。

作者:沃尔夫冈·胡贝尔,由安雅·冯·海德布雷克贡献。许多用户的评论和建议得到了认可,其中包括Dennis Kostka, David Kreil, Hans-Ulrich Klein, Robert Gentleman, Deepayan Sarkar和Gordon Smyth

维护者:Wolfgang Huber < Wolfgang。胡贝尔在embl.de >

引用(从R中,输入引用(“vsn”)):

安装

要安装这个包,启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于较老版本的R,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请从R开始并输入:

browseVignettes(“vsn”)

超文本标记语言 R脚本 vsn简介(HTML版本)
PDF R脚本 vsn的似然计算
PDF 用模拟数据验证和评估性能
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews 微阵列OneChannel预处理软件TwoChannel
版本 3.54.0
Bioconductor自 BioC 1.6 (R-2.1)或更早版本(> 15年)
许可证 艺术- 2.0
取决于 R (> = 3.4.0),Biobase
进口 方法,affylimma晶格ggplot2
链接
建议 affydatahgu95av2cdfBiocStyleknitrdplyrtestthat
SystemRequirements
增强了
URL http://www.r-project.orghttp://www.ebi.ac.uk/huber
取决于我 affyParacellHTS2MmPalateMiRNArnaseqGenewebbioc
进口我 arrayQualityMetricscoexnetDAPARDoschedaExpressionNormalizationWorkflowimageHTSLVSmiRNAmetaseqRMSnbaseNormalyzerDEPowerExplorerpvca林格tilingArray
建议我 adSplitbeadarrayBiocCaseStudiesDESeqDESeq2雌激素flowVSggbioGlobalAncovaglobaltestlimma光民PAA《暮光之城》
我的链接
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包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包 vsn_3.54.0.tar.gz
Windows二进制 vsn_3.54.0.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan) vsn_3.54.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/vsn
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/ vsn
包短Url //www.andersvercelli.com/packages/vsn/
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