瓦肯
doi：10.18129/b9.bioc.vulcan
此软件包适用于生物导体的3.10版；对于稳定的最新版本，请参阅瓦肯。
使用网络的虚拟CHIP-SEQ数据分析
生物导体版本：3.10
VULCAN（通过网络通过网络分析的虚拟芯片序列分析）是一个软件包，该软件包询问基因调节网络以明显地推断出来自ChIP-Seq数据的差异结合签名的辅助因子。为此，我们的软件包结合了来自不同生物导体包的策略：用于数据归一化的DESEQ，chippeakanno和diffbind，用于注释和定义Chip-Seq基因组峰的注释和定义，CSAW定义了最佳峰宽度和VIPER，以应用于调节网络，以在差异网络上应用差异性网络绑定签名。
作者：Federico M. Giorgi，Andrew N. Holding，Florian Markowetz
维护者：gmail.com> federico M. Giorgi
引用（从r内，输入引用（“瓦肯”））：
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“ 3.6”）并输入：
if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ vulcan”）
对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。
文档
要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：
browsevignettes（“瓦肯”）
| R脚本 | Vulcan：通过网络的虚拟芯片序列分析 | |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 消息 |
细节
| 生物浏览 | chipseq，，，，基因表达，，，，NetworkEnrichment，，，，软件，，，，系统生物学 |
| 版本 | 1.8.0 |
| 在生物导体中 | Bioc 3.6（R-3.4）（2。5年） |
| 执照 | LGPL-3 |
| 要看 | r（> = 3.4），Chippeakanno，，，，txdb.hsapiens.ucsc.hg19，，，，动物园，，，，基因组机，，，，S4VECTORS，，，，毒蛇，，，，差异，，，，Locfit |
| 进口 | WordCloud，，，，CSAW，，，，GPLOTS，统计，utils，表情，图形，deseq，，，，生物酶 |
| 链接 | |
| 建议 | vulcandata |
| 系统要求 | |
| 增强 | |
| URL | |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | Flowspecs |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包装档案
跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。
| 源包 | vulcan_1.8.0.tar.gz |
| Windows二进制 | vulcan_1.8.0.zip |
| Mac OS X 10.11（El Capitan） | vulcan_1.8.0.tgz |
| 源存储库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/vulcan |
| 源存储库（开发人员访问） | git clone git@git.bioconductor.org：包装/瓦肯 |
| 包装短URL | //www.andersvercelli.com/packages/vulcan/ |
| 软件包下载报告 | 下载统计 |
