xps

DOI:10.18129 / B9.bioc.xps

此包适用于Bioconductor 3.10版本;有关稳定的最新发布版本，请参见xps．

非对称寡核苷酸阵列包括外显子阵列，全基因组阵列和平板阵列的处理和分析

Bioconductor版本:3.10

该软件包处理Affymetrix GeneChip表达阵列的预处理，归一化，过滤和分析，包括外显子阵列(外显子1.0 ST:核心，扩展，全探针)，基因阵列(gene 1.0 ST)和只有1gb RAM的计算机上的平板阵列。它导入Affymetrix . cdf， . clf， . pgf和. cel以及注释文件，并计算例如RMA, MAS5, FARMS, DFW, FIRMA, tRMA, MAS5-calls, DABG-calls, I/NI-calls。它是一个R包装到XPS(表达式分析系统)，这是基于ROOT，一个面向对象的框架在CERN开发。因此，优先安装ROOT是使用此包的先决条件，但是，不需要了解ROOT。ROOT是在LGPL下授权的，可以从http://root.cern.ch下载。

作者:Christian Stratowa，奥地利维也纳

维护者:Christian Stratowa

安装

要安装这个包，启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("xps")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes (xps)

PDF	R脚本	1.XPS小插图:概述
PDF	R脚本	2.XPS小插图:类
PDF	R脚本	3.XPS小插图:比较APT和XPS
PDF	R脚本	4.XPS小插图:函数表达式()
PDF		参考手册
文本		自述
文本		新闻
文本		安装

细节

biocViews	DataImport，DifferentialExpression，ExonArray，GeneExpression，微阵列，OneChannel，预处理，软件，转录
版本	1.46.0
在Bioconductor	BioC 2.2 (R-2.7)(12年)
许可证	GPL (>= 2.0)
取决于	R(>= 2.6.0)，方法，utils
进口
链接
建议	工具
SystemRequirements	GNU make, root_v5.34.36 —安装说明请参见README文件。
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	xps_1.46.0.tar.gz
Windows二进制
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	xps_1.46.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/xps
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/xps
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/xps/
软件包下载报告	下载数据