修改版本2.12.0 ------------------------- o对summarizeexperiment的行名的ID映射进行了重大重构:(函数idmap / probe2gene): - to。ID也可以是rowData列，以支持用户定义的映射-支持多:1和1:多映射的数据驱动策略-微阵列探针ID映射(probe2gene)和一般基因ID映射(idmap)的同步行为o基于GSEABase::GeneSet和GSEABase::GeneSetCollection的基因集的替代表示，以促进基因集的基因ID映射(函数getGenesets) o HTML报告的输出目标(函数eaBrowse / ebrowser):通过参数输出扩展控制。o DE和EA结果表中名义和调整后的p值的分离(函数deAna / sbea / nbea) CHANGES in VERSION 2.10.0 ------------------------- o添加脚本到inst/scripts以从命令行调用富贵浏览器(对于非r用户)o GRN编译:支持额外的路径数据库(通过graphite) o缓存下载GO和KEGG基因集(通过BiocFileCache) o默认输出目的地更改为rappdirs::user_data_dir(“mentbrowser”)o函数名称:x.x标记的废弃- read.eset -> readSE - probe.2.gene.eset -> probe2gene - de.ana -> deAna - compileGRN .from. KEGG -> compileGRN - ggea。graph -> ggeaGraph - make.example.data -> makeExampleData CHANGES IN VERSION 2.8.0 ------------------------ o从ExpressionSet到summarizeexperiment CHANGES IN VERSION 2.4.0 ------------------------ o添加了一个min.cpm过滤器用于RNA-seq数据到de.ana o额外的sbea方法:gsa, mgsa, padog, globaltest, roast, camera, gsa o额外的nbea方法:Netgsa, degraph, topologygsa, ganpa，cepa 2.2.0版本的变化 ------------------------- o轻微修改奥拉的超几何假定值计算根据http://mengnote.blogspot.de/2012/12/calculate-correct-hypergeometric-p.html o GGEA适应也处理第二列入库单o SPIA适应处理non-kegg基因集合o包括EmpiricalBrownsMethod(实证)sbea 2.0.0版本变化的方法 ------------------------- 看’的大修'feel基于ReportingTools o交互式图形使用imageMap o重做集和图形视图o基于路径视图的新kegg视图o适应特定的本地统计RNA-seq数据样本排列方法GSEA, SAFE，和SAMGS o包括nbea方法中的PathNet o基于npGSEA的GSEA排列近似o扩展组合功能更改在1.2.0版------------------------ o de.ana: RNA-seq的扩展现在包括DESeq和edgeR o get.go.genesets:新的GO基因集getter o de.ana:现在基于ggea的limma函数。graph: extended control of layout o ggea: * permutation p-value now based on fast edge resampling * p-value approximation now based on gaussian mixture * extended control for edge selection (consistency threshold, edge type, ...) CHANGES IN VERSION 1.0.0 ------------------------ o Initial release of the 'EnrichmentBrowser' package