# #——风格,eval = TRUE,呼应= FALSE,结果=“黑名单”- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - BiocStyle::乳胶()# #——包括= FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -库(knitr)美元opts_chunk组(整洁= FALSE) # #——loadChip - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - suppressPackageStartupMessages({库(hgu95av2.db)}) # #——listContents - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ls(包:hgu95av2.db) # # - - - - -显示- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - hgu95av2。数据库列# # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -列(hgu95av2.db) # #——帮助,eval = FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - #帮助(“象征”)# #——keytypes - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - keytypes (hgu95av2.db) # #钥匙- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -头(键(hgu95av2。db, keytype = "符号"))# #——selectChip - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - # 1日得到一些示例键k < -头(键(hgu95av2.db, keytype =“PROBEID”)) #然后调用选择选择(hgu95av2。db,键= k,列= c(“象征”、“GENENAME”), keytype =“PROBEID”) # #——mapIdsChip - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - # 1日得到一些示例键k < -头(键(hgu95av2.db, keytype =“PROBEID”)) #然后调用mapIds mapIds (hgu95av2。db,键= k,列= c (“GENENAME”), keytype =“PROBEID”) # #——selectOrg1 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -库(org.Hs.eg.db)列(org.Hs.eg.db) # #——selectOrg2 eval = FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - #帮助(“象征”)# #的解释这些列和keytypes值# #——selectOrg3 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - keytypes (org.Hs.eg.db)(键(org.Hs.eg uniKeys < -头。db, keytype = " UNIPROT "))关口< - c(“象征”、“路径”)选择(org.Hs.eg。db,键= uniKeys、列=关口,keytype =“UNIPROT”) # #——selectData - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -负载(系统。文件(“extdata”、“resultTable。Rda”,包= " AnnotationDbi "))头(resultTable) # #——selectOrgData - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - annots < -选择(org.Hs.eg。db,键= rownames (resultTable),列= c(“象征”、“GENENAME”), keytype =“ENTREZID”) resultTable < - (resultTable, annots合并。x = 0, by.y =“ENTREZID”)负责人(resultTable) # #——selectGO - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -库(GO.db) GOIDs < - c(“去:0042254”,“去:0044183”)选择(走。db,键= GOIDs列=“定义”,keytype =“GOID”) # #——selectTxDb - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -库(TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene) txdb < - TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19。knownGene txdb列(txdb) keytypes (txdb)键< -头(键(txdb, keytype =“GENEID”))关口< - c (“TXID”、“TXSTART”)选择(txdb键=键列=关口,keytype =“GENEID”) # #——selectEnsDb - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -库(EnsDb.Hsapiens.v75)教育局< EnsDb.Hsapiens。v75教育局# #列出所有列列(教育局)# #列出所有keytypes keytypes(教育局)# #第一键< -头(键(教育局,keytype =“GENEID”)) # #获取数据选择(教育局、键=键列= c (“TXID”、“TXSEQSTART”,“TXBIOTYPE”), keytype =“GENEID”) # #——selectEnsDb。Y - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - # # id检索所有基因Y染色体上编码的所有lincRNAs linkY < -键(教育局、过滤=列表(GeneBiotypeFilter (“lincRNA”), SeqNameFilter (" Y ")))长度(linkY) # #我们现在所有这些基因的转录。tx < - select(教育局、钥匙= linkY列= c (“TXID”、“TXSEQSTART”,“TXBIOTYPE”), keytype =“GENEID”) nrow (tx) # #或者,我们可以指定/通过过滤器与键参数。 txs <- select(edb, keys=list(GeneBiotypeFilter("lincRNA"), SeqNameFilter("Y")), columns=c("TXID", "TXSEQSTART", "TXBIOTYPE")) nrow(txs) ## ----SessionInfo, echo=FALSE----------------------------------------------- sessionInfo()